大乘實教原分顯密兩部。顯部由文殊師利菩薩住持（即般若藏），稱為顯乘，或顯教，義理較淺顯故。密部由金剛手菩薩住持（即陀羅尼藏），稱為密乘，或密教；義理甚深密故。文殊化跡既詳上節。金剛手原系法身菩薩，不受時間拘限；對于學人修密教將入上品悉地（成就之義）者，乃現身其前而為說法，佛滅后約七百年，始由龍猛見諸南天（即南天竺）鐵塔中；密乘從此昭著于世。
龍猛即龍樹。密乘全出新譯，故用此名，龍猛以前，習三乘者亦有雜用密咒；然只作顯教之補助法，非純粹密乘；純粹密乘由鐵塔始現故。龍猛得入鐵塔，以持毗盧遮那如來真言為因。此真言傳自何人不得而詳；以師資秘密傳承，非外人所能知也。入塔覲見諸佛菩薩后，即蒙金剛手菩薩授與傳法灌頂，紹密宗“阿闍黎”（導師之義）之位；并付兩部大法；即《金剛頂經》及《大日經》也。
密乘最高法理，以《金剛頂》經表示金剛心境界，由初心至后心，經歷十六菩薩位，而五智圓成。清凈法身開發盡致；自受用身莊嚴具足；他受用身及應化等流諸身則隨機顯現，是謂究竟成佛之果相，顯乘極談，或以為如來果德不可說；或以為佛與佛方能究竟；《金剛頂經》乃究竟說之，此密乘之超絕處也。
五智即法界體性智，大圓鏡智，平等性智，妙觀察智，成所作智也。眾生心中原具有之，但渾略不著，恒為識掩。識漸薄則智漸厚，薄至全無，則五智齊彰；爾時不妨借識為用。然須至金剛后心乃能究竟。金剛心者，見性之極，不復被惑，堅強如金剛也。
《大日經》原名《大毗盧遮那（遍照之義）成佛神變加持經》。眾生本來皆具覺性；惟渾略不著，恒被識掩，故不能開發無量法性功德，毗盧遮那佛即圓滿此種功德之法身如來；能以神力加持眾生，各從其機之所近，憑三密方法開顯一門或普門之法性也。上焉者，感見如來他受用身，中焉者，感見諸大菩薩身；下焉者，感見外金剛部諸天身。
真如總體名一法界；本覺總性恒與相函；具攝無量無邊法性；絕對無質，互不相礙；亦無處所可得。本覺一味圓照其間，無所分別，原無朕兆可尋。行者入觀，心中若有圓明之相者，則凈識所標之幻跡；非本覺惺寂妙致。依此圓相分位觀之：據點無窮無盡；各能自成中心；各攝一切法性；復以其無窮無盡據點彼此交互貫攝；行者之心乃依其中據點之一隨緣出興者。能作此觀，亦不離識。泯識融于本覺，是名佛心；迷識淪于不覺是名眾生心”（此段妙理須定中細察乃能相應）。
《金剛頂經》及《大日經》教法皆無量無邊，對任何法性應各有相當修習故。而南天鐵塔所傳，俱以十萬偈為限；稱此土機宜故。依《金剛頂經》而修者曰金剛頂宗，亦曰最上瑜伽宗。依《大日經》而修者曰大日宗。亦曰瑜伽宗。兩宗所以有別者，果位因位方法不同也。
金剛頂宗行者以能入薩睡三昧為正機；得如來三密加持，充其量為果地即身成佛；五智圓滿故。大日宗行者以能入般若三昧為正機；得如來三密加持，充其量為因地即身成佛；鏡成二智未圓故。通稱即身成佛者，簡括之詞也。
真正密乘行者，以菩提心為體，三密為用；觀行成就，則妙相自然流露，即身成佛矣。菩提心者，本覺正性顯現，心中惺惺寂寂，于體相用妙理無不洞達，絕不住著者也。三密者：
（一）身密，以手印提起相當法性也；
（二）口密，以真言滋潤相當法輪也；
（三）意密，以觀想開發相當緣境也。
以三密為符號，引起如來之加持，則菩提心中自覺法流日盛，其濃厚之度，能消除眾生染心，法身昭著，是為因位成佛。若更能開顯諸佛真心，三身具足；是為果位成佛。
菩提心之開顯，至少以般若波羅蜜多為基。只與生空真如相應者（既破俱我生執），此心猶常昏昧；能與法空真如相應者（既破俱生法執），此心乃克明凈。于此明凈菩提心中，以三密發展諸佛功德，收效乃大。未與般若波羅蜜多相應，甚至分別二執未破者，則三密不能頓呈殊勝妙用；須以大精進心行之（或參考顯教戒定慧三學）。
密乘行者分四級：未破粗執者（分別二執），只依信心而行，是為下級修法（或名作密）；未破細執者（俱生我執），只依理解而行，是為中級修法（或名修密），未破極細執者（俱生法執），依般若性而行，是為上級修法（或名瑜伽密），既破極細執者（俱生二執俱空），能依薩睡性而行，是為最上級修法（或名最上瑜伽密）。
會得一乘妙旨者，不論身處何境，無非佛性流行之處。于了了常知之中，受用自在；此屬顯教之能事。若就佛性流行之際，加以三密方法，則莊嚴勝境漸次開顯；此乃密乘之妙用。既不須揀擇處境，則對任何職業之人無不可施以密法。學者茍能如法行持，未有不成功者。
印度當時外道甚多，所奉之神種種色色。密乘為兼攝此類根機，亦可方便接引，授以相類之三密，使勤而行之，隨其破執程度能致相當成就。近代考據家以為密宗乃由婆羅門教遞嬗而來；不知只屬大權方便中之一法耳。豈足以概密乘全部耶？
密乘最重灌頂；諸佛法流依此灌入行者身心也。諸佛法流交加眾生身心未嘗或斷；但為識執所蔽，昏然不覺，日與眾生氣流相隨逐，前六識被其牽纏，所感無非眾生境界。今欲行者把握法流；不受氣流壓抑；則須以法加強之。法流本極微細；頂門之路無氣流相阻，灌入最為適宜；此灌頂之本旨也。執行灌頂職務者名阿黎。所灌之法流，視行者機緣，取所供“曼荼羅”中之一尊而施之。
曼荼羅者，輪壇之義也；具足一切法性。以一性為主余性為輔，組織圓滿無所欠缺，名曰輪壇。壇中諸性同現受用身，或作佛形；或作菩薩形；或作諸天形。金剛頂宗所供者為金剛界曼荼羅；大日宗所供者為胎藏界曼荼羅；皆以毗盧遮那為中尊，而境界有異；一屬自受用，一屬他受用也。其余諸佛菩薩諸天等，亦可各取為中尊，而組織各別；總與圓滿無缺之旨不相違。
就儀式言之，灌頂大別二類：
（１）心想灌頂 阿奢黎入本尊（與行者機緣相應之尊）三摩地（定中妙境），觀本尊法流普遍十方，求灌頂者皆被籠罩。即觀此法流入行者之頂，而遍輸于其身心，行者能定中接受，感應最大。此種作法，全仗心想為之，故名；亦曰秘密灌頂。
（２）事相灌頂 行者未能定中密受灌頂，阿黎須建立具支壇場，資其觀感。具支者，具備種種事相支分也。如以圖像表示輪壇諸尊；以瓶水表示諸佛法流；以及其他種種莊嚴事相皆是。行者對于事相觀感所得，能增強法流之力，獲得灌頂實效；故有事相灌頂之名；亦曰具支灌頂。
就實用言之，灌頂又分三類：
（１）結緣灌頂 學人未能發菩提心；不克受三昧耶戒；雖參加灌頂；只與本尊結一勝緣。仗此凈因，將來對于密乘或有較大之傾向。其能獨持本尊真言不懈者，亦許得顯淺之效驗。
（２）學法灌頂 學人發菩提心，受三昧耶戒，而灌頂者，不論破執程度如何，但肯依法專心行持，總稱學法灌頂；亦名受明灌頂。其灌而不持，且亦未嘗開悟；雖號稱發心受戒，究與結緣相類。
（３）傳法灌頂 真正密乘行者既入最上瑜伽宗，確與金剛心相應者，則有轉法輪能力，應受傳法灌頂，紹阿黎位，利益眾生。然尚須具備多種道德乃稱厥職；詳如《大日》、《蘇悉地》二經。
顯教由應化法身隨緣施設；密教由受用法身恒常宣演；然實彼此互相推動；缺一不可。蓋無受用身之住持，莫從應化；無應化身之流現，難顯受用。毗盧遮那之說《大日經》，蓋當釋迦成道之初；因化身出興之牽動，而襯起他受用身恒常說法之妙相也。毗盧遮那之說《金剛頂經》，蓋當釋迦涅磐之后：因化身入滅之牽動，而襯起自受用身恒常享樂之妙相也。
密教由毗盧遮那如來直接宣演，故以如來為初祖。金剛手為首座當機，直承兩部大經而紹阿黎位，故稱第二祖。龍猛菩薩為釋迦入滅后最先傳承阿黎職務者，故稱第三祖。繼此法統，則龍智菩薩也。
龍智阿奢黎之住世，為印度純粹密乘初興之時，數百年間傳承斯門之尊者究有幾人？事屬秘密，難以詳考。惟佛滅后一千一百年，印度有清辨菩薩傳習金剛陀羅尼成就，得留壽于“阿素洛”宮以待彌勒佛下生（見西域記），此乃最有典據之事實。
《大唐西域求法僧傳》云：持明咒藏梵本有十萬頌；唐譯可成三百卷；現今求覓，多失少全。佛涅磐后惟龍樹菩薩特精此道。龍樹弟子號曰難陀，傳授其法；持咒十二年，瑞應疊著；乃將所學之咒攝為一萬二千頌；釋理精微；陳那論師大為佩服。此于龍智之外別樹一幟者也。道琳法師嘗學其法，惜未能歸唐宣傳。所謂十萬頌究屬何部真言？于金剛頂大日兩宗同異奚若？不得而知。
一門之尊只代表局部法性，未及全部也。雖以毗盧遮那如來為本尊，亦一門攝。其未與二空真如相應者，縱見遮那尊相，不過應化身境界。若能開顯全部法性，乃稱普門之尊。修之者，又須真破三重妄執，方見遮那受用身。倘欲自成受用身，則須先證金剛心。得此根機，方合授與傳法灌頂。龍智留壽七百余歲以俟其人，卒有金剛智三藏繼承法統，為第五祖。
唐貞觀時，玄奘三藏，嘗遇龍智阿奢黎于印度，年將七百；貌若三十；以傳承密乘相勸。奘以非素愿，只受中觀法門。又將百年，有善無畏、金剛智兩三藏出，先后得傳大法為阿奢黎。然無畏未嘗多傳，法統早絕。故金剛智獨稱五祖。不空三藏承之，則稱六祖；后更學于龍智以廣其道，然不與五祖同輩也。
玄奘三藏之游學印度，蓋當七世紀之初，正值戒日王御世；顯教隆盛之極，亦日中將昃之時。戒日王已逝，國勢大變，外道囂張。歷數十年瞿波羅王崛起，具大勢力；雖能維持佛教，而不克遏止外道之發達。再傳至達磨波羅王，以顯教偏重理解，實效微小；乃專尚密乘；建超巖寺，延請密宗大德住持之；時當八九世紀之間也。
當時密宗大德相繼主持超巖寺者，為師子賢大師，及其弟子智足也。師子賢以空宗學者入密，初本寂護弟子。后三百年，有阿提沙住持此寺，亦以空宗入密者（寂護阿提沙乃先后入西藏樹立佛教之人故西藏佛教以空宗為基礎也）。
密乘盛行于印度三百余年，行者有無修習兩部普門大法之人，尚待考據。然為應付當時外道宗尚故，自然以專修外金剛部一門之尊為多。十二世紀末葉，回教徒蹂躪印度，佛教絕跡本土；密乘大師紛紛逃避西藏焉。
西藏廣傳印度晚期密教，擅長一門之尊者當然不少其人。而于兩部大法最高學理，尚未聞有相當研究（參觀《西藏佛學原論》）。
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