一、印度密教的淵源
雜部密教的產生
早在佛紀一千多年前的吠陀時代，由讀誦真言咒語來祈福禳災，已流行于印度民間各階層。佛教在印度長期發展過程中，逐漸滲入民間信仰，進而攝取其咒術密法，產生了真言咒語的使用。初期的"真言咒語"，與佛教經典中所說的教理并無直接關系，只作為守護、消災、治毒，所雜說的片斷咒語，向來被稱為"雜部密教"，簡稱為"雜密"。如《雜阿含經》所說，被兇惡毒蛇咬傷時，所持念的明咒，即屬此。
到了佛陀入滅后三百年間，上座部所隸屬的犢子部，除經、律、論三藏外，諸多真言密咒亦被結集，匯編成為"明咒藏"。其后，在南傳《巴利藏》中，有說護身等偈頌的經典，名為《防護藏》，至今仍盛行于錫蘭、緬甸等南傳佛教國家。到了四世紀左右，出現了專說咒法的獨立經典《孔雀明王經》，認為口念真言，內心統一，建立方圓之土壇供養諸尊，嚴修儀軌，即可產生不可思議的功德。
純正密教的完成
所謂"純密"，乃指結合佛教的教義和理論，如唯識、中觀、般若、性空等思想，以真言密咒為中心，而成為獨樹一幟的"密宗"。
七世紀時，印度大乘佛教的晚期，也是全盛時期，大乘佛教的中觀、瑜伽思想體系已臻完成，密教亦隨之結合大乘佛教的精粹，以真言、陀羅尼為中心，成為系統化、獨立化的一個宗派?！洞笕战洝泛汀督饎傢斀洝烦霈F于這個時期，成為密宗的主要二部經典。教主是大日如來(法身毘盧遮那佛)，與顯教有所不同，也有其獨立性。《大日經》是密教"胎藏界"的根據經典，旨在表現眾生本來具有的如來清凈理性；但由大悲哺育，猶如胎兒懷在母胎內，蓮花之種子蘊含在花中，因此譬喻為"胎藏" 具有攝持、含藏、本覺、理、因、化地等諸義，故名"胎藏界"。
《金剛頂經》則是"金剛界"的根據經典，旨在表現如來內證的智德，其體堅固，不為一切外物所損壞，俱有智、果、始覺、自證等諸義，故名"金剛界"。"金"、"胎"相對，二者合為密教根本兩部，于一心法界上，立"理平等"、"智差別"二門，是純正密宗最初成立時所依據的經典。
二、中國密宗的傳承
中國佛教在三國時代，已有咒經的傳譯。據傳，此時竺律炎和支謙二人已譯出《摩登伽經》、《華積陀羅尼神咒經》、《無量門微密持經》、《七佛神咒經》、《八吉祥神咒經》、《密跡金剛力士》等不少經咒，皆為簡易的咒法。至東晉四、五世紀間，有帛尸梨密多羅譯的《孔雀王神咒》等經，及各種灌頂神咒的《佛說灌頂經》，此為密教經咒傳入中國之始。但仍限于消災祈福，或以咒術的靈驗事跡來引起群眾稀奇的想望為目的。善無畏、金剛智二純密大師于唐開元年間(八世紀初)先后來到中國長安，譯出《大日經》、《金剛頂經》，建立灌頂道場，密宗才逐漸有系統組織的傳播開來，進而成為中國佛教八大宗派之一。后于公元九世紀左右，由空海、最澄傳到日本，發展為"東密"、"臺密"，一直流傳弘揚至今。以下就中國所傳的密宗祖師簡介如下：
龍樹 龍樹，又名龍猛或龍勝，為南印度婆羅門種姓，印度大乘佛教中觀派的創始人。其著論甚多，有"千部論主"的美稱，在中國佛教史上被尊稱為八宗之祖。據傳，毘盧遮那佛，以金剛界、胎藏界兩部的灌頂法，傳授給上首金剛薩埵，又使受持并結集兩部大經各十萬頌，藏在南天竺的鐵塔中，待人弘傳。佛陀入滅七百年后，經龍樹施咒于七粒白芥子，而得以開啟鐵塔之門，親禮金剛薩埵，受金剛界、胎藏界兩部大法(有說《大日經》傳于鐵塔，由文殊菩薩所傳授)，因此成為密宗的開祖。
中國最早提到龍樹為密宗開祖的是《大唐西域求法高僧傳 道琳傳》，唐代義凈于公元六九一年所作。
龍智 龍智，梵名 Nagabodhi，南印度人，在空海大師撰的《秘密漫荼羅教付法傳》里稱他為"普賢阿阇黎"。據傳，龍樹把兩部密法傳給龍智，令其廣為弘傳，龍智因此成為密宗祖師傳人。
公元八○九年，日本空海大師在中國長安遇到般若三藏、牟尼室利三藏及南印度的婆羅門，聽說龍智仍在南印度傳授密法，因此傳說龍智活了七、八百年。八世紀初，善無畏也在那爛陀寺從龍智受密法。
另據西藏的傳說，龍智出生于現在的東孟加拉國，婆羅門族，因為家貧，受到龍樹的濟助，后來依止龍樹出家，三年內通達三藏教法。龍樹示寂后，龍智也隱居于吉祥山。
善無畏 善無畏(公元六三七｜七三五年)，梵名 Subhakara-simha，出生于東印度烏荼國，也就是現在的 Orissa，剎帝利種姓。 為釋尊的叔父甘露飯王的后裔。十三歲登王位，施行仁政，深得軍民愛戴，后因諸兄嫉妒其能而引起內亂。善無畏勇猛鎮暴，曾被流箭所傷，但仍大赦其兄，并讓出王位。因感悟世間無常，乃毅然出家學道。
退位后，善無畏到印度南方海濱參學，修"法華三昧"，并游歷諸國，修行禪觀。之后又到中印度摩竭陀國那爛陀寺，禮曇無德 Dharmaguptaka(又譯為達摩鞠多，有說即是龍智)為師，專研三藏教理及密教奧義，得受密法灌頂，被尊為"三藏阿阇黎"。
唐玄宗開元四年(公元七一六年)，善無畏以八十高齡抵達中國長安，玄宗禮之為國師，奉詔住興福寺南塔院，后移西明寺。翌年，奉詔于菩提寺譯經，譯出《虛空藏菩薩能滿諸愿最勝心陀羅尼求聞持法》一卷。此后，致力于翻譯密教經典，為密教傳至中國的先河，與后來的金剛智、不空，并稱為"開元三大士"，共同奠定中國密教的基礎。
密教的根本經典《大日經》，又名《大毘盧遮那成佛神變加持經》，共七卷，由善無畏口譯，一行記錄而成。其后又由一行編纂，加以注釋，撰成《大日經疏》二十卷。此外，尚譯有《蘇婆呼童子經》、《蘇悉地羯啰經》各三卷。
善無畏于開元二十年上表奏請返回印度，但未得準許。開元二十三年十一月七日示寂，世壽九十九，法臘八十，葬于龍門西山廣紀寺。付法弟子有寶思、一行、玄超、義林、智嚴、喜無畏、不可思議(新羅僧)、道慈(日僧)等。
自唐武宗廢佛后，密宗在中國也隨之衰微，只有善無畏所傳的"胎藏部密法"，由不空傳惠果，再傳日本空海，和金剛智所傳的"金剛部密法"相并傳習，直到今日仍流傳于日本。
金剛智 金剛智(公元六七一｜七四一年)， 梵名 Vajrabodhi，是中印度國王伊舍那靺摩( Isana-varma )的第三王子(另說為南印度婆羅門出身)。十歲能背誦婆羅門的經典，后來在中印度的那爛陀寺出家，隨寂靜智學習《聲明論》，十五歲到西印度留學，回到那爛陀寺后，于二十歲受具足戒。此后，修學大乘律學，研讀《般若燈論》、《百論》及《十二門論》等，以大乘空觀思想為主的論著。二十八歲，就勝賢論師學習《瑜伽論》、《唯識論》及《辨中邊論》，研究大乘有宗思想三年。三十一歲，到南印度就龍智修學密教，研究《金剛頂瑜伽經》、《大日總持陀羅尼經》等密教經典，并得受金剛界的密法灌頂。
金剛智學成密法之時，正值南印度久旱不雨，國王為此迎請金剛智到宮中求雨。果然不到數日，天降大雨。王歡喜踴躍，金剛智因而受到至高供養，及諸大臣、百姓的崇拜。從此，開始了他云游四方，化導眾生的弘法事業。金剛智聽說中國佛教正盛行，因此發愿到中國弘揚密教，乃取海路到中國，并攜帶《大般若經》和其它各種佛典，以及印度的七寶器具和許多名貴香料珍品。途中多次被暴民所襲，同行的商船皆受到迫害，獨有金剛智所乘的船舶得免其難。經三年時間，路經錫蘭、蘇門答臘，于開元七年(公元七一九年)抵達廣州，建立密宗灌頂道場，開始弘揚密教。
開元八年，金剛智來到洛陽、長安，面謁玄宗，成為大唐國師，得以積極從事密教經典的翻譯，并傳授密法。譯有《金剛頂經》、《瑜伽念誦法》、《觀自在瑜伽法》等八部十一卷。所到之處，必建金剛界大曼荼羅灌頂道場，有時奉敕為國祈雨，或為妃嬪、公主加持除病等。開元二十九年，金剛智奏請返回印度，經玄宗準許后，便動身返鄉，到了洛陽廣福寺，卻因病而示寂。世壽七十一，法臘五十一，葬于龍門。其付法弟子有不空、一行、慧超、義福、圓照等人。金剛智經由海路，善無畏經由陸路，分別攜帶了"金剛部"和"胎藏部"二經的灌頂傳授密法來到中國，因此，同為開中國兩部密法的始祖，并奠定了中國密宗的基礎。
不空 不空(公元七○五｜七七四年)，梵名 Amoghavajra，又稱"不空金剛"，南印度獅子國人，即今之錫蘭國(一說是北印度婆羅門族)。自幼隨叔父經商，來到中國，十五歲遇金剛智，依止為師，并剃度出家。二十歲時，于洛陽廣福寺受具足戒。不空自幼聰明博學，通達多種語言，常隨侍在金剛智身邊，擔任翻譯工作。不空就金剛智學習《聲明論》，本應以十二年時間才學習完成的經論，僅費時六個月就通達了。據傳，為了得到純正密教的奧義，三年之中，曾數次向金剛智請求口授都被拒絕。因此，不空決心到印度求法，剛出發到長安東方的新豐，金剛智夢見長安的佛菩薩皆向東行，乃知不空實為法器，遂喚回不空，把所有的密教奧旨都傳授給他。
開元二十九年，金剛智示寂，不空遵奉遺命到南印度廣求密教經典，經廣州、訶陵而到達錫蘭，從普賢阿阇黎(一說龍智阿阇黎)處受十八會金剛頂瑜伽法門、毘盧 遮那大悲胎藏、五部灌頂、真言秘典及諸經論之梵本五百余部。天寶五年(公元七四六年)，不空回到中國，為玄宗灌頂，又逢久旱不雨，皇帝請他作法求雨，不數日間，天降大雨?；实鄞笙?，親賜紫袈裟，并賜號"智藏"。干元元年(公元七五八年)，不空向肅宗皇帝上表，請求搜集所有梵文經典，加以修補及翻譯、弘揚，受到朝廷的大力支持，得以將過去玄奘、義凈、善無畏、菩提流支、寶勝等人所攜帶回來的梵篋經論，在大興善寺集中起來，廣譯各種顯密教典，同時傳授灌頂儀軌。不空(亦有說是義凈)與鳩摩羅什、真諦、玄奘等，并稱為四大 翻譯家。
不空在晚年令弟子含光于五臺山造金閣寺、玉華寺，由此，五臺山成為密教的重鎮，一直流傳到清末。大歷九年六月中，不空示寂，世壽七十，僧臘五十。代宗皇帝追贈"司空"，謚號"大辯正廣智不空三藏和上"。付法弟子有含光、惠超、惠果、惠朗、元皎、覺超等六人，稱為"六哲"。其中惠果被尊為真言付法第七祖。
善無畏和金剛智二人首將純正密宗傳到中國，并奠定基礎，而后將密宗圓成，繼往開來，并發揚光大者，當屬不空。玄宗、肅宗、代宗三代皇帝及德宗太子，都受其灌頂，并禮為帝師。當時密宗得以順利的發展，應歸功于當代朝廷的大力支持。 一行 一行(公元六八三｜七二七年)，又稱一行阿阇黎。俗姓張，唐代鉅鹿(河北鉅鹿)人，出身顯宦世家，為唐初功臣張公謹的后裔。自幼天資聰穎，過目不忘，有神童之稱。
一行不但是中國密宗祖師之一，也是一位出色的天文歷學家，精通歷象、陰陽、五行等世學。初就荊州景禪師出家，后來在嵩山聽聞普寂禪師弘法，大為感動，乃隨禪師學禪，并從當陽真纂律師習律。曾采集律部及諸經論中之精要，編撰成《攝調伏藏》十卷。嘗師事金剛智、善無畏學習密法，得金、胎兩部密法之傳授。又奉唐玄宗詔，進宮協助善無畏譯出密教根本圣典《大毘盧遮那成佛神變加持經》，即《大日經》，受金剛智秘密灌頂。
開元九年，玄宗命其訂正傳統歷法頒行天下。開元十五年，完成《大衍歷》五十二卷，至今仍受日本所采用。又與梁令瓚共同發明黃道游儀，用來重新測定一百五十余顆恒星位置，并算出相當于子午線緯度的長度。其后又制出渾天儀。
開元十五年，一行因長年積勞成疾而示寂，時年四十五歲，玄宗賜謚為"大慧禪師"，并為其制碑文，親書于石。
一行的佛教著作除《攝調伏藏》外，尚有關于密教的著作，如《大日經疏》二十卷，為密宗教理的代表著作。另有《藥師琉璃光如來消災除難念誦儀軌》、《大毘盧遮那佛眼修行儀軌》、《曼殊室利焰曼德迦萬愛術如意法》、《宿曜儀軌》等各一卷，并與弟子慧覺共撰《華嚴經海印道場懺儀》四十二卷。
惠果 惠果(公元七四六｜八○五年)，唐代長安人，俗姓馬。世稱青龍阿阇黎，密教付法第七祖。九歲時，隨不空的弟子曇真研習諸經，后來受到不空賞識器重，成為其傳法弟子。大歷元年(公元七六六年)，惠果滿二十歲，在慈恩寺受具足戒后，依止不空受金剛界密法，之后又從善無畏的弟子玄超受胎藏及蘇悉地諸法，并融會二法，建?quot;金胎不二"的思想。又將此金、胎不二的理念傳法給空海，再由空海帶回到日本；另由新羅僧惠日、悟真等，傳入新羅。
建中元年(公元七八○年)，訶陵國( Kalinga)的僧侶辨弘，原本發愿到南印度尋求大悲胎藏曼荼羅法，途中遇到一位奇人，問他要到那兒去，辨弘即為之表明心愿。奇人答道："大悲胎藏曼荼羅法已被不空三藏請去，今在中國流傳。其弟子惠果正在青龍寺傳授此法。"說完之后，消失不見，辨弘即刻改變行程到中國，成為惠果的弟子。
惠果常被請入宮中，為帝、后宮妃嬪、文武百官等修法，并繼不空法席，為青龍 寺東塔院灌頂國師，故又稱青龍和尚。歷任代宗、德宗、順宗三朝國師，倍受崇敬。其付法弟子遍及海內外，但是只有日本空海得到全部的密法傳承?；莨闪酥袊茏谧詈蟮淖鎺?，同時也是日本真言宗的高祖。世壽六十，僧臘四十。碑文由空海奉敕撰寫。
三、日本佛教密宗的傳承
從中國流傳到日本的密宗，由弘法大師空海所傳，以東寺及高野山金剛峰寺為根本道場的稱為"東密"；由傳教大師最澄結合天臺宗思想所創立，以比叡山為總本山的稱為"臺密"。
所謂密教傳燈之入唐八大家，有天臺宗的最澄、慈覺、智證及真言宗的空海、常曉、圓行、宗叡、惠運等。然而，唯有弘法大師空海的法流最為廣布盛行。最澄雖然比空海更早得到中國密法的傳承，并在日本始開灌頂修密傳法，但因其以天臺宗為本，因此日本佛教史皆以空海為日本密宗的開祖。
茲就真言宗開祖空海和臺密初祖最澄的事跡簡介如下：
東密始祖 空海
空海(公元七七四｜八三五年)，出生于贊岐國善通寺町(京都附近)，俗姓佐伯直。自幼學習日本及中國的經書、史書等。十五歲時，到京都學習儒學，后來轉入大學明經科，逐漸接觸佛教，十八歲發表《三教指歸》，評判儒、釋、道三教。在大學不到兩年，空海決定輟學，一心修習佛法。延歷十二年(公元七九三年)，空海依止和泉槙尾山寺的勤操和尚出家，取名教海，后改名如空，專研三論及大小乘教法。延歷十四年，在東大寺受具足戒，改名空海。翌年，曾于夢中感得《大日經》，然未能解悟。
延歷二十三年，空海和最澄同時出發到中國，途中遇到大風侵襲，經過三個多月才到達福建。傳說，當空海一行人抵赤岸城時，未準許上陸，不得已轉到福建，還是不準登岸，最澄及其隨行人員因語言不通，束手無策。在瀕臨絕望之際，空海說?quot;可否允我寄一張呈文試試？"于是執筆疾書，大意是說："久仰大唐文化，我們渡海求學，天朝大國俯允登陸。"由于文字優美通暢，心意誠懇，感動地方官，立即飛報洛陽，特許登陸，并待以上賓之禮。
到了中國，空海北上遍訪長安博學之士，并向般若三藏、牟尼室利三藏及不空三藏的弟子曇真學習梵文。最后于青龍寺遇到惠果大師，承續密宗法脈，受傳法阿阇黎灌頂，成為日本真言宗開祖?；莨炯藕?，碑文即由空海執筆寫成。碑文的大意是："弟子為求佛法，來到大唐國，遙望故鄉，在東海之東。論其路程，于今思之，實困難中之困難，時須冒生命之危險。海路行船，波濤洶涌；陸路之山，云山萬重。于今身臨大唐，能晤恩師，可惜未足一年。余得真言密教密法，感激萬幸。朝思暮想，實是恩師之導引。以上這些不可思議之法緣，牽引我、導引我，感恩萬分。"
日本大同元年(公元八○六年)，空海回到日本，次年在京都久米寺講授《大日經》，三年，嵯峨天皇敕許弘揚真言宗?？蘸Ｔ谥袊蠓〞r期，以長安為中心，見到宮中設置鎮國道場，祈求國運昌隆，宗教受到朝廷的大力支持，有助于弘揚的方便。因此，回到日本后，首先建設東大寺灌頂壇，成為鎮護國家的道場；進一步奏請興建宮中真言院，以祈求皇體安和，國泰民安。同一時期入唐求法的最澄，受到山林教團的影響，返回日本后，則隱遁于比叡山。日本真言宗就在空海的影響下，受到朝廷百官的歡迎，成為佛教的主流。
弘仁七年(公元八一六年)，敕賜高野山之地，建立密宗道場。弘仁九年，天皇賜空海"傳燈大法師"號，次年，高野山建寺落成，題名"金剛峰寺"。據傳，空海到中國之前，曾遇一奇人，并被引到一處靈山，他遙向遠處投出三鈷杵，杵落在一棵松樹上，其地點就是現在的高野山。至今，仍然可以看到當時空海親手種植的松樹，遍滿高野山，高大蒼勁無比。弘仁十四年，又敕建東寺，與高野山同為密宗的根本道場。東寺的建筑、佛像、僧眾威儀等，悉仿唐朝青龍寺的風貌。
天長五年(公元八二八年)，空海成立綜藝種智院，教授僧俗弟子諸學，確立密宗教學，是日本最早的私立學校。承和二年，空海示寂于高野山，世壽六十二。逝后將近百年，醍醐天皇謚號"弘法大師"。因其建立高野山為密宗的祖寺，時人多稱"高野大師"。
空海一生的佛學著作豐富，教義方面有：《辨顯密二教論》、《秘藏寶鑰》、《 十住心論》、《付法傳》、《請來目錄》、《御遺告》、《即身成佛義》、《聲字義》、《吽字義》、《般若心經秘鍵》等，另有《大悉曇章》與《篆隸萬象名義》。文學方面亦有《文鏡秘府論》等多種著作。空海長于書法，墨寶甚多，也曾指導密宗美術，對社會教化之功既深且廣，日本人稱其為奇僧。空海所傳的東密，后來分出廣澤流和野流兩大流派，合稱為"東密二流"或"野澤二流"；隨之又衍生有野澤七十余流。然一般以三十六流為主。
臺密始祖 最澄
最澄(公元七六七｜八二二年)，近江(滋賀縣)人，俗姓三津道，是日本天臺 宗的開祖，也是第一個把中國密宗傳到日本的人。最澄雖承密宗法脈，而弘法則以天臺宗為本，因此日本仰為正統密教的開祖，乃歸空海。
最澄十四歲出家，游學于南都(奈良)，后于東大寺受具足戒。因樂于山林生活，受戒后到比叡山，專研佛教各宗經論。之后創建根本中堂 "比叡山寺"，號"一乘止觀院"。
延歷二十三年，最澄為了探研《法華》一乘教義，與空海同時到中國留學。到了中國，從天臺宗九祖湛然的弟子道邃、行滿受天臺教義，從天臺山翛然受牛頭禪，并從道邃受大乘菩薩戒，后依止順曉(善無畏的弟子)受密法灌頂。次年，回到日本，于高雄山寺設立灌頂壇場傳授密法，這是日本最初的秘密灌頂。最澄糅合天臺與密宗教義，創立日本的天臺宗，主張圓密一致，四宗(即圓教、密教、禪、戒)合一，對日本鎌倉時代禪宗的興起，有深遠的影響。弘仁十三年，最澄于比叡山中道院示寂，世壽五十六。清和天皇追贈"傳教大師"，時人稱"叡山大師"、"根本大師"、"山家大師"，或"澄上人"。著述有二百八十余部(也有說四百余部)?，F存有一百六十部，但其中部份真偽不詳。
依天臺宗為本的臺密，以比叡山延歷寺、圓城寺為中心道場。主要依據經典有《 大日經》七卷、《金剛頂經》三卷、《蘇悉地經》三卷、《一字頂輪王經》五卷、《瑜祇經》一卷，并稱五部密經。主要流派有：
以最澄為代表的根本師流；
以圓仁為代表的慈覺大師流；
以圓珍為代表的智證大師流。
后人稱為臺密三流。
四、藏密的傳承
西藏的密教，是在公元八、九世紀時，由蓮華生從印度直接弘傳到西藏，形成最早期的寧瑪派。而后又陸續有噶當派、薩迦派、噶舉派及格魯派等幾個獨立派系的產生，這其中又分出無數的小支派。這些派系一直都有祖師代代相傳，流傳到今天的主要有寧瑪、薩迦、噶舉及格魯(后來噶當派并入此派)等四大主流。
自密教傳到西藏，很快地成為當地佛教的骨干，可以說西藏佛教與密教的關系，如水與乳，難以分開。今日只要談到西藏佛教，就會很自然的聯想到密教。事實上，在西藏只有少部份的密教學院是專研密法，一般的佛學院，如西藏三大寺所屬的學院(甘丹、色拉、果芒學院)，上萬的出家學僧都以至少十年以上的時間學習顯教經論，畢業后才隨個人志愿專研密法。進入密學院也要經過嚴格的考試審核，因此，有許多西藏僧侶以研習顯教經論為職志，一生都不曾學密法。
西藏密教有自屬的傳承，所依經論、修習次第、儀軌制度等，都有其特點。因此，傳統上把西藏密教稱為"藏密"，以區別漢地和東傳日本的密宗。
以下介紹西藏密教主要各派系始祖略史：
寧瑪派始祖 蓮華生
蓮華生， 梵名 Padma-sambhava，原是八世紀左右的北印度烏仗那國(今巴基斯坦)的密教大師，以咒術降魔而聞名。曾于當時印度密教的中心地之一 孟加拉國( Ban- gladesh )修學，并以瑜伽行派的密教學者身份活躍于那爛陀大學，博通大小乘教法。
據西藏佛教史所傳，蓮華生入藏前的西藏佛教，常受到苯教和惡魔的逼迫侵擾，為了抵制當地帶有巫術色彩的苯教，當時留在西藏的印度高僧寂護(又稱靜命)，建議藏王赤松德贊，唯有迎請蓮華生大士入藏才能降魔。
唐玄宗天寶六年(公元七四七年)，蓮華生大士應邀入藏，傳聞他在入藏的途中降伏了許多惡魔，并顯現使河水倒流等神變事跡。入藏后，應藏王赤松德贊之請，與寂護共同策畫，在雅魯藏布江邊的拉薩東南方，建立桑耶寺，又自印度迎請十二名說一切有部的上座比丘為尊證，引度七名藏人出家，史稱"七覺士"，是西藏佛教史上第一座具備僧寶的正規佛寺。桑耶寺共有三層，基層采藏式建筑，第二層為唐朝建筑，第三層是印度式樣，所以又稱"三樣寺"。
桑耶寺建成后，蓮華生開始弘傳瑜伽秘密法門，傳授各種灌頂密法，開辟譯經道場，促成密教在西藏的傳播。后人把蓮華生、赤松德贊和寂護，稱為"師君三尊"。蓮華生所傳的密教，稱為寧瑪派(密教古派之意)，以大喜樂禪定的瑜伽觀法為最上密法，弘宣佛教。高徒二十五人，如虛空藏、佛智、遍照、王札寧波、智童、柱德積等人，皆為當時有名的譯師，從事梵、漢、藏佛典的譯述，并協助宣揚密法。
蓮華生不但是寧瑪派的始祖，同時也是藏密的開祖。今日，西藏的寺院中都供奉有蓮華生大士的畫像或塑像，被尊為西藏的圣守護者。后世傳承寧瑪派者，以頭戴紅帽為特征，所以又叫"紅派"。
噶當派始祖 阿底峽
九世紀中葉，由于藏王朗達瑪在位(公元八三八｜八四二年)的排佛行為，造成西藏佛教幾致潰滅的狀態。經過將近二個世紀，佛教才重現曙光，開啟了后弘佛教的時期(朗達瑪毀佛前，名為"前弘期")。此時佛教已失去三分之一的傳統教義，內容多偏向于密教的咒術，顯教反而受到排斥。為了匡正佛教的內涵，阿底峽被迎請入藏。
阿底峽，梵名 Atisa (公元九八二｜一○五四年)， 又作阿提沙，是孟加拉地區一國王卡魯耶那珠的次子。自幼聰穎過人，十歲前便學會了醫方、工巧、文學等五明，十歲那一年離開皇宮，到山林參訪修學。再到那爛陀寺就菩提賢論師、明杜鵑菩薩學習，二十一歲即通達內外聲明、因明之學，辯論時無人能敵。二十九歲，阿底峽從戒護律師出家，廣學大小乘經論及密教，法名吉祥燃燈智。之后又乘船到金州(今蘇門答臘)向法護求法。十二年中，求得《現觀莊嚴論》"一切教授"，和《集菩薩學論》、《入菩薩行論》等"不共教授"。
四十四歲，阿底峽回到印度，駐錫于超巖寺，成為該寺首座論主。當時寺前的右邊畫著龍樹的像，左邊畫著阿底峽的像，可見人們將阿底峽與龍樹相提并論。另外，殿的左右壁，一邊畫著通達五明者，一邊畫著得成就者，尊者左右兩壁俱畫，意表二德雙具。又當時印度寺規，有大善巧者才能掌管鑰匙，而阿底峽一人就持有了十八支鑰匙。
公元一○一○年，阿底峽受西藏阿里地方智光(王族后裔)的邀請，離開超巖寺，途經尼泊爾，一路朝圣禮佛進入西藏。當時，西藏佛教已現衰微，僧俗不分，教理分歧，重密輕顯。為了恢復純正的佛教，阿底峽著書立說，振興戒律，講解顯、密教次第，從事經典翻譯。一時，佛教大盛，阿底峽創立噶當派(噶當是"教授"義)，重新整頓西藏教團，使之面目革新。
噶當派的教義，把經、律、論三藏，融攝在三士道次第中，并極力提倡持戒、禪定與觀法兼修。又立"三士教"(類似中土的判教)，主張上、中、下三種不同次第的修習。阿底峽的代表著作，也是成立噶當派的主要論典｜《菩提道燈論》，即是因應當時西藏佛教界修行不重次第，重密輕顯或重顯輕密的混亂情況而著述。其內容以佛教修習次第為綱領，是當時第一部對整個佛教教義有系統組織的論著，主張先顯后密，顯密相關。
噶當派的教義，影響及于三百年后，格魯派始祖宗喀巴改革西藏佛教，其教義思想系統的成立，淵源于此。自格魯派成立后，噶當派逐漸與其合并為一，不再單獨存在了。
噶舉派始祖 馬爾巴
馬爾巴(公元一○一二｜一○九七年)，出生于西藏南部的落札縣，十五歲開始向卓彌 釋迦意希學習梵文，也學習詩歌、戲劇，后來成為出色的藏梵雙語大譯師。在卓彌 釋迦意希處學習完成后，馬爾巴曾先后去過尼泊爾三次、印度四次。據傳，馬爾巴脾氣暴躁，但意志堅強，為了到印度學習密法，不惜把所有家產變賣成黃金，充作學費。到了印度，從那洛巴(藏 Na-ro-pa )、彌勒巴、智藏等修學密法。主要的老師是那洛巴。所學密法主要有"喜金剛"、"密集金剛"、"大印"等密法，這些都成為以后噶舉派的主要傳承。
回到西藏后，馬爾巴致力于翻譯工作，將他從印度帶回的梵文經典，翻譯為藏文，成為西藏的譯經大師之一。除了翻譯事業以外，馬爾巴以在家居士身份教授學生，傳授灌頂密法，門下有幾位杰出的弟子，人稱"四柱"，分別是梅、俄、祖爾及密勒日巴。其中以密勒日巴(公元一○三八｜一一二二年)最為杰出，是馬爾巴的嫡傳弟子。
馬爾巴于公元一○九七年示寂，世壽八十六。他直接傳承了印度那洛巴的密法，另辟噶舉派，成為該派的開祖。噶舉派注重口傳教授："噶"，是指"佛語"或"師長的言教"；"舉"，意為"傳承"，合起來為"口傳"，也就是師徒以言語親自傳授繼承。馬爾巴按照印度密教的風習，在修法時都穿著白色僧裙。以后這種白色僧裙，成了噶舉派世代相襲的傳統，后人據此，稱之為"白教"。
噶舉派后來又分出許多支派，有所謂的四大支八小支。歷史上噶舉派的個別支系，曾經直接或間接主導過西藏地方政權。如帕竹噶舉和噶瑪噶舉，對過去西藏的政治有極大的影響力。
薩迦派始祖 貢卻杰布
貢卻杰布(公元一○三四｜一一○二年)，或袞曲爵保，是古代西藏王朝的貴族、昆氏家族的后裔。曾向卓彌 釋迦意希學習"道果"法。一說薩迦派始祖為卓彌釋迦意希，他曾經到印度學習戒律、般若、密法等，回藏后，建立牛古龍寺，傳授"道果"密法。貢卻杰布是他的門徒之一。
公元一○七三年，貢卻杰布在后藏仲曲河谷的薩迦地方，修建了薩迦寺。"薩迦"，意為灰白色的土地，是根據當地土質的顏色而取的地名。因以地名作為寺名，后來直接成了教派的名稱。又此派寺院墻上繪有象征文殊、觀音與金剛手菩薩的紅、白、藍三色花紋，因此又名"花派"。
薩迦法王的繼承是采娶妻生子，父傳兒子的家族傳承辦法，教主由貢卻杰布家族世代相承，為血統、法統的共同傳承。其中貢噶堅贊(薩迦四祖)，又稱文殊薩迦班禪(公元一一八二｜一二五一年)，曾應元帝忽必烈召請入朝，被尊為帝師，著有《薩迦格言》，流傳至今。其侄兒八思巴(薩迦五祖)，亦被尊為帝師，元朝并委以全藏的統治權(公元一二七○年)，薩迦派更因此而發揚盛行。后來隨著元朝政治的衰微，此派亦消勢不少，但其教義仍然流傳到現在。
薩迦派所弘傳的密法，以"喜金剛"法為承傳，并以顯教的中觀、唯識思想為基礎，注重"道果"密法的傳授，主要分為三個修行次第，即"最初舍非福，中斷于我執，后除一切見，知此為智者"。大意是說，要得到人身而能修學佛法，最先要舍掉非福的惡業；得到人身之后，還必須要斷除我執，才能脫離輪回之苦；最后，要斷除我執，必須具有"無我空慧"的見解，才能排除一切邪執邪見。若能明了上述三種次第的道理，就是智者了。
格魯派始祖 宗喀巴
宗喀巴(公元一三五七｜一四一九年)，本名羅桑札巴，出生在青海省湟中縣塔爾寺地方。包括西寧、湟中在內的青海東部湟水流域，在那時期名為"宗喀"。西藏人為了表示對羅桑札巴的尊敬，因此以地為名，稱他為"宗喀巴"。又名"杰仁波切"，是寶貝尊者的意思。
宗喀巴三歲時，遇到噶瑪派法王 噶瑪巴游戲金剛，授他居士戒。七歲跟隨西寧當地的噶當派喇嘛頓珠仁欽出家，學習經論九年，并接受密教的灌頂。十七歲到衛藏地區學習經法，以十年時間學習顯教經論。所學主要論典有《現觀莊嚴論》(后來成為格魯派必修的論典之一)、《大乘莊嚴經論》、《辨法法性論》及《究竟一乘寶性論》等五部大論(藏傳佛教稱之為彌勒慈氏論)。這五部論，為他的學說、思想奠定了深厚的基礎。此后，宗喀巴開始有系統地學習各派系所傳的主要密法，包括"道果法"、"大印法"、"勝樂輪法"等。不久，通達所有顯密教法。
公元一三八五年，宗喀巴跟隨楚臣仁欽受比丘戒。此后，經常對大眾講經，曾經在同一時期宣講十七部經論而不發生混雜錯誤，其名聲從此遠播四方。公元一四○九年，宗喀巴在拉薩創建甘丹寺，后來與哲蚌、色拉二寺合稱為格魯派在西藏的三大寺。建寺這一年正是宗喀巴在拉薩發起一大型祈禱法會，即"傳大召"或"傳召"法會的一年。這次不分教派，不分地區的西藏佛教大法會，自各地前來參與的僧侶有一萬多人，促成宗喀巴在整個西藏佛教界的聲望地位更高。因此，后人把公元一四○九年作為格魯派創建的一年，創始人是宗喀巴，代表寺院為甘丹寺。
"格魯"，意為善規或善行。因為宗喀巴提倡嚴守戒律，因此，他創立的教派稱為"格魯派"。宗喀巴時代的宗教與政權都很混雜，各政派間經常發生斗爭，佛教亦戒律廢弛，僧侶多娶妻生子，教風敗壞。有鑒于此，宗喀巴立志改革佛教，提倡戒律，并以顯教為基礎，先顯后密。
一年歲冬，宗喀巴在講經時，一反往常，改戴桃形尖頂黃色僧帽(當時僧侶多用藏紅色僧帽。西藏史上只有喇欽 貢巴饒賽和喀且班欽 釋迦室利戴過黃帽，這兩人都是以持戒聞名)，可知宗喀巴有志從戒律開始來改革西藏已現衰微的佛教。由此，格魯派又稱為黃派。
公元一四一九年，宗喀巴圓寂。一生著作甚多，其中《菩提道次第廣論》和《密宗道次第廣論》，是格魯派建立理論基礎和思想體系所依據的根本論典。宗喀巴與兩大門徒 賈曹杰和克主杰，被西藏佛教徒尊稱為"師徒三尊"。另有重要門徒：絳央卻杰、絳欽卻杰、根敦主、堆 喜饒桑布、麥 喜饒桑布和喜饒僧格。
克主杰后來被追認為第一世班禪，第十世卻吉堅贊于一九八九年在中國大陸青海示寂。十一世靈童己經認證完成。根敦主被追認為第一世達賴喇嘛，今已傳到第十四世丹增嘉措，一九五九年出走到印度西北部的達蘭沙拉，并建立流亡政府至今。格魯派的教義也隨著藏僧的流亡到海外，而散播到世界各國。
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