目前在日本每個國立大學里，幾乎都設有印度哲學科和中國文學科，提供研究佛學的環境。各佛教宗派也幾乎都各自設有佛教大學與佛教專科學校。到目前為止，除了公立大學的印度哲學科輿東洋文化研究所之外，由佛教界所創辦的正式大學已達三十余所，其中有十七所設有專研佛學的科系與研究所，連同其它各公私立大學每年所進行的研究、培養出的學士、碩士、博士，數量之多可以想見。
日本因其國內的佛教向以宗派為主要的統轄力量，由于其組織的活力旺盛，因此透過宗派的力量出資與辦教學機構的風氣也很蓬勃，從幼稚園、小學、中學到大學、研究所都有。如此興盛的佛教教育，在學術上的影響是，促使佛學水準的提升，并刺激佛教相關事業的發達，而在教義上也迭有新詮，使得傳教方式不斷地革新。
近百年來林立的佛學系所與佛教大學，為日本養成了一批批優秀的佛學青年學者。就讀佛教大學的學生可略分為來自日本各宗派的僧眾、信徒以及一般青年，其畢業后就業一般以教育、文化、社會福利或弘法修行為主。
日本目前的“佛教興辦大學”大致可分為兩個方向，一是利用現有的大學成立佛學相關科系或研究所，由佛教界出資并提供人才；一是以各宗派組織的力量創立綜合性大學，培養佛學及一般學科之人才。
目前在日本設有佛教相關科系的國立大學，較著名的有東京大學、京都大學、東北大學、北海道大學、名古屋大學、大阪大學、廣島大學、九州大學等。
至于各宗派創立綜合性性大學，可說是日本佛教現代化的產物。日本佛教在近代曾經歷了“神佛分離”、“排佛毀釋”等危機沖擊，佛教界受此刺激，自覺佛教必須自救，因而派遣了大批留學僧遠赴歐洲留學，這批留學僧回國后即成為日本佛教現代化的有力支持者，更將西方那一套佛學研究的方法帶回日本國內，對日本佛教教育的革新有快定性的影響。自十九世紀末（一八九九年）開始施行的私立學校法中，曾有一條“宗教教育禁止令”，在一九四五年解禁后，由佛教各宗派所設立的大學即紛紛成立。
日本由各宗派所創辦的佛教大學:
校 名 宗 派 所在地
龍廣大學 凈土真宗 京都市
大谷大學 凈土真宗 京都市
佛教大學 凈土宗 京都市
高野山大學真言宗 高野山派 和歌山朽縣
花園大學 臨濟宗 京都市
駒澤大學 曹洞宗 東京都
立正大學 日蓮宗 京都市
大正大學 天臺宗、真言宗、凈土宗京都市 | 
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