佛教傳入日本的明確時期雖不可考，但據諸佛教史籍所載：梁武帝普通三年（５２２）由中國江南渡日以制鞍為業的漢人司馬達等在日本大和坂田原設立草堂崇奉佛教，達等的女兒司馬島并首先出家為尼，稱為善信尼；達等的兒子也出家為僧，稱為德齊；是為日本僧尼的開始（見《扶桑略記》卷三、《元亨釋書》卷十七）。那時佛教已由中國傳入朝鮮，公元５５２年，朝鮮南部的百濟國圣明王遣使將佛象和漢譯經典奉送于日本國（《日本書記》卷十九）。當時大臣蘇馬氏舍宅為寺，另又建寺造像，而司馬達等的孫子鞍部鳥即為其時佛像制作藝術的第一名匠。從此各種和佛教有關的建筑雕畫等工藝文物，也陸續由中國直接或間接通過朝鮮傳入日本，逐漸開展日本佛教的新機運。
嗣至公元５９３—６２８年日本推古朝，攝政的圣德太子大力倡弘佛教，使佛教在日本得到巨大的開展。其時圣德太子曾師事高麗僧慧慈，崇尚漢文化，并曾用漢文撰《勝鬘》、《維摩》、《法華》三經注疏，廣建寺塔。又曾于隋大業三年（６０７）派遣國使小野妹子等來和中國通好，翌年（６０８）又開始派高向玄理等留學生四人和僧旻、清安、惠隱、廣齊等學問僧四人入隋，學習中國學術和佛教（《日本書記》卷二十二），這是日本歷史上向海外派遣留學生的嚆矢。以上八人又都是原來在日本的漢人子孫或新移入的漢人。隨后又有學僧靈云、惠云等來隋求學佛法。以上人等在中國留學的時期都很長，一般多是由隋末到唐初，學習二三十年之后才回國，從此日本派遣僧俗學人來中國留學，絡繹不絕，因而中國佛教文物制度工藝等更廣泛傳播于日本，而漢文在日本也普遍流行。
當時日本佛教雖已興起，而宗派未分，隨著來隋唐留學的僧人次第返日，以及中國僧人赴日弘化，遂漸次形成了各個宗派。首先是隋嘉祥寺吉藏的弟子高麗僧慧灌，于公元６２５年去到日本，在飛鳥元興寺弘講三論，開始建立三論宗。隨后是慧灌的大弟子福亮，他原是中國江南人，在日從慧灌出家，后又入唐，謁嘉祥吉藏，重研三論。返日住元興寺宏化，盛演空宗。福亮在俗的兒子也出家，名智藏，后來入唐游學，歸住法隆寺，弘傳三論。智藏門下英才甚眾，其中道慈以大足元年（７０１）入唐，從吉藏的再傳弟子元康研習三論。他在唐十八年，廣學多聞，其間曾預選入宮，講《仁王般若經》，于開元六年（７１８）返國，闡揚三論，兼傳真言律學。并模仿長安西明寺，在日本奈良建造大安寺，為日本古代最宏壯的寺宇。道慈的弟子善議也渡海入唐，遍尋名德，深求義蘊，歸國住大安寺，盛傳一宗的教旨。日本史家通稱：“三論一宗從唐土傳入有三代傳：一慧灌僧正傳，二智藏僧正傳，三道慈律師傳”（《三國佛教傳通緣起》）。三論宗入唐的學者中即以以上三師為正傳。
其次在法相宗方面，有日本沙門道昭，于永徽四年（６５３）與沙門道嚴等人隨國使入唐，詣慈恩寺，受教于玄奘門下，蒙奘師親切提掖，并授以觀門，兼及《俱舍》，后攜新譯經論歸還本國，住元興寺，盛弘慈恩的學說，是為日本法相宗初傳。又顯慶三年（６５８），日本沙門智通、智達也渡海入唐，謁玄奘、窺基師弟，即從受學，又隨入玉華宮寺，業成返國，弘傳所學，為日本法相宗第二傳。嗣至長安三年（７０３），新羅沙門智鳳、智鸞、智雄相偕入唐，受學于濮陽智周門下，后返日本大弘宗義，為第三傳。以上均在飛鳥的元興本寺傳習，又稱元興寺傳，或南寺傳。至開元四年（７１６），智鳳的再傳弟子玄昉也渡海入唐，仍就濮陽智周學習慈恩宗義，在唐蒙賜紫衣，于開元二十三年（７３５）赍同所得佛像及經論章疏五千余卷返國，在奈良興福寺大弘所學，為第四傳，又稱為興福寺傳，或北寺傳。
在華嚴宗方面，有唐東都大福先寺道璿，因日本學僧榮睿、普照至唐邀請，于開元二十四年（７３６）赍同《華嚴》章疏渡日，弘闡此宗，兼傳戒律，教人不倦，化導甚廣，為日本華嚴宗第一傳。同時有唐賢首法藏的弟子新羅國審祥，住日本大安寺，于７４０年應請在金鐘道場開講《華嚴經》。為日本華嚴宗初祖。從那時以來：《華嚴經》的講習漸次弘盛。
在律宗方面，七世紀后期有日本沙門道光入唐學律而歸，但戒學未弘。嗣至開元二十一年（７３３）日本沙門榮睿、普照等相偕入唐，求學戒律，奉敕在東都大福先寺依定賓律師受學。這時唐地諸寺的三藏大德特重戒律，榮睿等以本國傳戒無人，欲為本國尋求律匠，時榮睿、普照更聞揚州大明寺鑒真為當代律學名德，弘導甚盛；遂于天寶元年（７４２）至揚州懇請鑒真東渡弘化，當蒙允許，即于天寶二年（７４３）和他的徒眾赍同經論法物等啟舟東行，前后五回，并為風浪等逆緣所阻，歷經十年的艱苦行程，終于第六回、即天寶十二年（７５３）抵達日本，受到日本國朝野僧俗的盛大歡迎。翌年，在奈良東大寺興筑戒壇，日皇、皇后、公卿等四百余人皆從受菩薩戒；又日僧靈裕、賢戒、志忠等八十余人皆舍舊戒從受新戒。為日本登壇授戒的開始。公元７５９年又于奈良興建唐招提寺，并設戒壇，前后受度的達四萬人以上。由于鑒真的盛化，遂開日本戒律一宗，而鑒真即為日本律宗初祖。此外，《成實論》也于隋代由高麗慧灌傳入日本，在日講習，漸至形成了宗派。《俱舍論》也由道昭、智通、智達入唐玄奘門下受學，并傳至日本盛行講述，也形成一宗。但以上兩宗并未開創寺院，獨立弘傳，只是成實宗附在三論宗內、俱舍宗附于法相宗內傳通講習而已。
以上是日本奈良時代由隋唐傳入的六個宗派。
由于唐地佛教的盛行東傳，日本養老四年（７２０）十二月，曾敕令佛教轉經唱禮須依漢沙門道榮和日本入唐返國的學問僧勝曉等的音調轉唱，并停止余音，免污法門（《續日本紀》卷三）。又當時日僧多學漢語，唐道璿、鑒真等渡日，都以漢語從事講授。道璿并曾令他自己的能懂漢語的弟子忍基、善俊、忠惠、真法等人，從鑒真的門人思托學法礪等《疏記》于大安寺唐院，隨后這些日本學人也都能在各寺轉相講授（《唐大和上東征傳》）。又因唐開元十六年（７２８）頒行《大衍歷》的影響，日本也于天平寶字七年（７６３）八月廢去原用的儀鳳歷，而采用唐一行所作的《大衍歷》，實行日本歷法的改革（《續日本紀》卷二十四）。此外如佛教儀禮、經像、文物、建筑式樣、工藝等也大量由唐輸入日本。
漢文大藏經也于奈良時代由中國傳入日本。當唐開元藏編定的后五年、即開元二十三年（７３５），由唐留學歸國的玄昉曾攜回漢文經論五千余卷，奉進于日廷（《元亨釋書》卷十六）；之后四年、即日本天平十一年（７３９）敕依《開元目錄》寫一切經五千零四十八卷（《東大寺要錄》卷一）。又鑒真于公元７５８年（日本天平字二年）秋也在日本率眾開寫大藏經五千零四十八卷，收藏于奈良唐招提寺。因而日本天平時代是佛教寫經的最盛時期。
又由唐神龍三年（７０７）及開元二十六年（７３８）中國各州郡奉敕普建龍興寺、開元寺（見《佛祖統紀》卷四十）的影響，日本也由道慈等的建議，于天平十三年（７４１）在全國各地建立國分寺和國分尼寺，寺各置僧二十人或尼十人（《續日本紀》卷十四）。其中有名的大和國分寺（即東大寺）的盧舍那佛像，也是仿唐神龍初年（７０５）興造的白司馬坂大銅佛像而鑄造的。
公元７９４年日本國都由奈良北遷于仿唐京長安而建設的平安新城，為促進全國宗教文化的新興運動，仍派遣僧俗入唐留學，于是復有天臺、真言兩宗的開創。其時佛教界突出的人物，有比璿山天臺宗開宗大師最澄和高野山真言宗開宗大師空海。這兩位大師都于唐貞元二十年（８０４）泛海入唐求法。最澄和他的弟子義真乘日本遣唐使第二舶于當年九月到達明州，并轉赴臺州，從天臺山修禪寺道邃、佛隴寺行滿學習了天臺教義，并從道邃受菩薩戒，又從禪林寺翛然受學牛頭禪法。翌年（８０５）三月更轉赴越州龍興寺，從泰岳靈巖寺順曉學習密教，并受秘密灌頂。于同年五月攜同在唐所得的經論疏記二百三十余部，乘遣唐舶歸國，大弘教化，在比璿山開創天臺一宗，兼傳密教和大乘戒法，所著有《唐決集》、《守護國界章》等書二百八十余部，歿后謚稱傳教大師。與最澄同時入唐的空海系乘遣唐使第一舶，于當年（８０４）九月到達福州，旋入唐京。翌年奉敕居西明寺，歷訪長安諸剎名德，蒙青龍寺惠果阿阇黎授以金胎兩部真言秘藏，盡諸蘊奧，并授以阿阇黎位灌頂。惠果又令畫工、經主、鑄工李真等圖繪所有秘密曼荼羅及書寫《金剛頂》等最上乘密經、新造各莊嚴具并佛舍利等相贈。空海于元和元年（８０６）八月赍同在唐所得經軌章疏二百十六部及諸圖具等乘遣唐舶返國，盛弘密教，朝野尊崇，并于高野山創建根本道場，開啟真言一宗的規模。所著有《秘密曼荼羅教付法傳》、《辯顯密二教論》等書一百五十余部，歿后謚稱為弘法大師。
從那以后，天臺、真言兩宗在日本平安時代（７８２—１１９１）非常發達；日本佛教史上有名的“入唐八家”，即是指最澄和他的法裔圓仁、圓珍等屬于天臺宗的三家，以及空海和他的法裔常曉、圓行、慧運、宗睿等屬于真言宗的五家而言。
其中圓仁出于最澄門下，于開成三年（８３８）與圓行等共乘遣唐舶抵揚州海陵，在當地開元寺從沙門宗睿學梵書，又從全雅受灌頂及兩部曼荼羅、諸尊儀軌、佛舍利等。嗣轉經青州，登五臺山，從沙門志遠受學天臺教義。更到長安，奉敕居資圣寺，又從大興善寺元政阿阇黎學金剛界大法，會昌元年（８４１）從青龍寺義真受學胎藏界法并灌頂，又從元法寺法全受傳儀軌，從醴泉寺宗穎習止觀，在長安六年，然后赍同在各地求得的經論章疏五百八十五部及諸圖像道具等，于大中元年（８４７）由登州乘新羅舶返國，仍登璿山，盛弘臺、密二教。所著有《金剛頂經疏》等十余部。又他在唐時曾將他求法巡禮的見聞經歷，寫成《入唐求法巡禮行記》四卷（現存），不僅為中日佛教關系的珍貴史料，而且也是敘述當時唐代佛教和社會狀況的重要史料。嗣后有沙門圓珍，是最澄弟子義真的門下，于大中七年（８５３）隨唐人欽良暉的商舶入唐，經福、溫、臺、越各州，歷訪諸寺，受學于存式、物外、良谞等門下。后至長安，從青龍寺法全受瑜伽密教，又在龍興寺和大興善寺受金胎等曼荼羅及新譯經法。仍南登天臺山訪國清寺，以后攜同所得經卷四百四十一部及諸寶物道具于大中十二年（８５８）仍由臺州乘唐人李延孝的商舶返國弘化。
常曉與圓行于開成三年（８３８）同乘遣唐舶抵達揚州，常曉入棲靈寺，從文璨（一作文傺）阿阇黎受金剛灌頂和太元密法，翌年（８３９）又謁華林寺大德問學三論宗義，后攜所得經籍文物于同年八月仍乘遣唐舶歸國，傳弘密教。和常曉同行入唐的圓行，則入長安受教于青龍寺義真，因慧解明達，奉敕為內供奉大德，仍于翌年和常曉同舶返國。慧運也于開成三年（８３８）、一說是會昌二年（８４２）乘唐人李樹人的商舶來抵溫州，即入長安，禮青龍寺義真入灌頂壇，受諸密印，后于大中元年（８４７）乘唐人張支信的商舶歸國弘化，并興建安祥寺，形成真言宗安祥寺流的一派。宗睿則于咸通三年（８６２）乘唐人張支信的商舶入唐，初至汴州，謁玄慶阿阇黎受金剛部法；更至長安，從青龍寺法全學胎藏法，重受灌頂；又隨造玄、智慧輪諸德學諸秘賾。并朝天臺、五臺諸山，隨處訪寫經籍。于咸通七年（８６６）攜同所得經書一百三十四部及諸文物等由明州登唐入李延孝舶返國，傳衍密教。以上入唐八家都由中國求得大量的經書文物回國，并各編有一部《請來目錄》，這對于日本佛教的發展起了推進的作用。
以上日本天臺、真言二宗是這一時期最占優勢的兩個宗派，即日本歷史上所謂“平安二宗”。
在這一時期，中日佛教關系史上還值得特別提出的，是中國普陀山的觀音道場系因日本高僧惠萼而開創。惠萼曾于會昌元年（８４１）、四年（８４４）迭次來中國求學，并曾謁請杭州靈池寺齊安國師（馬祖道一的法嗣）派遣上首義空禪師去到日本弘傳禪法。惠萼又于大中十二年（８５８）赍同他在朝拜五臺山時得到的觀音圣像一尊，由明州航海準備回國，船行到普陀山不能前進，他便下船奉像在山結廬供養，漸漸興建補陀山寺（后改名普濟寺），遂開創了普陀山的觀音道場。
這時日本佛教界已搜羅并保存了大量的中國佛教典籍，而中國則因會昌的法難（８４５）和五代的戰亂摧毀而經像不全；時中國吳越商舶航行日本往來頻繁，公元９６０年吳越王錢弘俶曾遣使備金向日本和高麗求寫天臺教籍，使臺宗的章疏復還歸中土，而有利于中國天臺宗在宋朝的復興。
五代、北宋間，日本沙門來中國參學及朝禮名山佛跡的還不少；而較著名的則有奝然、寂昭、紹良、成尋等。其中奝然和他的徒眾成算、嘉因等六人于太平興國八年（９８３）乘宋人陳仁爽等的商舶來抵臺州，翌年（９８４）入京見太宗帝，進獻方物，蒙存撫甚厚，并賜紫衣及法濟大師號，館于太平興國寺；又巡禮五臺及洛陽龍門等勝跡，并蒙敕贈新印的摺本藏經五千余卷。與他同來的沙門成算，曾在洛陽太平興國寺從中印高僧學習悉曇梵書；奝然的弟子嘉因并受了五部秘密灌頂。雍熙元年（９８５）他們一行仍由臺州乘宋人鄭仁德的商舶返國。奝然曾將在宋游學參訪的經過寫成《入宋日記》四卷（今佚）。至端拱元年（９８８），奝然又遣弟子嘉因和宋僧祚乾等來宋進表稱謝，并獻佛經及諸方物，兼訪求宋朝新譯的經典。嗣至咸平六年（１００３）日本天臺宗源信以有關天臺教義的疑問二十七條遣弟子寂昭等來明州，投問于宋四明傳教沙門知禮，知禮隨就所問一一答釋。翌年（景德元年，１００４），寂昭等入朝，進佛像及金字《法華經》等，宋真宗因他書寫精妙，詔號圓通大師，賜紫方袍，又敕為蘇州僧錄司，住吳門寺，后即在宋遷化。隨后又有日本沙門紹良，于天圣六年（１０２８）奉師命以有關天臺宗旨的疑間十條致問于知禮的嗣席廣智，并齏金字《法華經》為贄見之禮，蒙廣智詳為解答并留受學，三年學成歸國，弘演臺教（《四明教行錄》卷四）。嗣至熙寧五年（１０７２），日本臺宗大云寺沙門成尋和徒眾賴緣、快宗等七人乘商舶入宋朝禮天臺、五臺及南北佛教名跡，歷訪諸方尊宿，并進獻方物，宋神宗因他們遠來而有戒業，并賜紫衣，又賜成尋以善慧大師號。成尋留住中國九年，著有《參天臺五臺山記》八卷及《善財童子知識》集等若干卷，以元豐四年（１０８１）在宋京開寶寺圓寂，敕葬于天臺山國清寺，并為建塔題稱“日本善慧國師之塔”。此后日本沙門入宋參學并進獻方物的仍絡繹不絕。中國南宋時期適當日本鐮倉幕府時代，佛教在日本趨向于大眾化，由中國傳入的禪宗和依唐善導的念佛法門而形成的凈土等宗以及由天臺法華教義而開演的日蓮各宗，于是勃然興起。
禪學在日本，以往雖有道昭、道璿、最澄、圓仁和唐僧義安等由唐傳入，但禪宗正式的弘傳，卻開始于入宋參學歸國而首創臨濟宗的榮西（１１４１—１２１５）。榮西于南宋乾道四年（１１６８）和淳熙十四年（１１８７）兩次入宋，參學于天臺、廬山、育王、天童諸山，時虛庵懷敞住天臺萬年寺，榮西再度往謁，受傳臨濟心印；后懷敞移住天童，榮西也隨侍研學；于雍熙二年（１１９１），又蒙付與衣具印信，歸國后大興禪學，學徒云集，朝野尊尚，在建仁寺開山，并著有《興禪護國論》等七部九卷，成為日本臨濟宗的新宗派。榮西的再傳弟子道元（１２００—１２５３）也于南宋嘉定十六年（１２２３）入宋，歷訪天童、徑山、天臺等山，參謁無際了派、浙翁如琰諸禪宿，終于得到天童長翁如凈的啟發而豁然開悟，并蒙印可，受傳秘蘊及衣具頂相，于寶慶三年（１２２７）歸國，也盛弘禪學，在永平寺開山，撰有《正法眼藏》、《永平清規》、《永平廣錄》、《普勸坐禪儀》等九部一百十八卷，成為日本的曹洞一宗。
由于船舶交通的便利，日本的禪僧入宋參學以及宋僧往日本弘傳禪學的，在這一時其中非常頻繁，其突出的人物，有日本臨濟宗的圓爾辨圓（榮西的法孫，１２５５年入宋，受天臺教于柏庭善月，歷參癡絕道沖、笑翁妙堪、石田法熏諸禪宿，后登徑山，嗣法于無準師范，１２４１年歸國，開創東福寺，宣唱教禪一致之學，門庭很盛）、無關普門（圓爾辨圓的弟子，１２５１年入宋，在宋參學十二年，得法于無準師范的弟子凈慈寺斷橋妙倫，１２６２年歸國，開創南禪寺）、無象靜照（１２５２年入宋，登徑山，嗣法于石谿心月，又遍訪育王、天童、天臺、凈慈諸山剎，歷參虛堂智愚等禪宿，于１２６２年歸國，后開創佛心寺，并著有《興禪記》一卷）、南浦紹明（在日宋僧蘭溪道隆的弟子，１２５９年入宋，至凈慈參虛堂智愚，后又隨智愚往徑山，并嗣其法，于１２６７年回國，重謁道隆，為嘉元寺開山）、曹洞宗的寒山義尹（道元的弟子，１２５３年、１２６４年兩次入宋，參學于天童、凈慈的義遠、智愚等，１２６７年歸國，開創大慈寺）、徹通義介（道元的弟子，１２５９年入宋，參徑山、天童等山，歷訪禪德，于１２６２年歸國，為永平寺第三祖）等人。
這一期間中國禪僧去日本行化的，有宋陽山無明慧性的法嗣蘭溪道隆，因日本入宋禪僧明觀智鏡等的勸請，于淳祐六年（１２４６）攜同弟子義翁紹仁、龍江等乘舶渡日游化，依宋地清規宣揚禪風，受到當時幕府和衲眾的歸依，創建長禪寺，有《語錄》三卷，于祥興元年（１２７８）在日圓寂，謚號大覺禪師。日籍徒眾嗣法的有南浦紹明等二十四人，其中渡海再入宋參學的有十一人之多。隨后又有徑山無準師范的法嗣南禪福圣寺兀庵普寧，因道隆由日來書勸請，于景定元年（１２６０）乘舶赴日，繼道隆住建長寺，接引學人；得法的有東海惠安、南洲宏海等人，在日弘化五年，仍于咸淳元年（１２６５）留偈返宋。至咸淳五年（１２６９），徑山石谿心月的法嗣大休正念也乘商舶赴日弘化，被請主禪興寺，又歷住諸大名剎，有《語錄》六卷，后即在日圓寂，謚號佛源禪師。隨后又有天童石帆惟衍的法嗣西澗士曇，于咸淳七年（１２７１）渡日，不肯主持一剎，在京都、鐮倉間游化七年，仍于祥興元年（１２７８）返宋。同年七月，宋高僧道隆在日圓寂，日幕府即遣禪僧德詮、宗英二人入宋，迎請無準師范門下的高德無學祖元蒞日，主持建長寺。祖元即和他的禪友境堂覺圓、弟子梵光一鏡等渡日行化，在建長寺大揚禪風，受日朝野和僧俗的一致歡迎，并為圓覺寺開山初祖。后于１２８６年圓寂，謚號佛光國師。
南宋以后中日禪僧往來密切，因而禪學在日本當時甚為繁榮。日本禪僧到中國各山寺參訪的人數眾多，而中國江南的徑山、靈隱、天童、凈慈、育王等五山，和中天竺、道場、蔣山、萬壽、雪竇、江心、雪峰、雙林、虎邱、國清等十剎，也成為日本禪和子所經常掛錫的祖庭。乃至日本各禪剎中，也有所謂五山十剎的仿設。其各禪寺的構造、禪堂的設備乃至日常生活，也多模擬宋地禪剎式樣，甚至開示語錄中雜有宋語，而中國禪門詩偈在日本禪林中也非常流行，這自然是受中國叢林的影響。
在律宗方面，南宋的律學也引起了日本律宗的復興。慶元五年（１１９９）春，日本律學沙門俊荏“以大小律范，未盡其要，須入中華抉擇所疑”，即偕弟子安秀、長賀二人乘舶入宋，歷訪天臺、雪竇、徑山等兩浙名藍，諮詢禪教，翌年（１２００）春，入四明景福寺，隨侍如庵了宏律師學習毗尼六年，開遮持犯，渙然通解。又和宋地教、禪、律學名僧廣泛交游，最后仍就溫州廣德律師學“七滅諍”。于嘉定四年（１２１１）攜同所得的經律章疏二千余卷和佛舍利等由明州乘舶返國，重興律學，日皇和幕府都奉他為戒師，為泉涌寺開山初祖。隨后，又有律學沙門曇照凈業，于嘉定七年（１２１４）及紹定四年（１２３１）兩次入宋，從中峰鐵翁守一重受具戒，深探篇聚，又至諸山廣學教律，并攜同所求得的宋版一切經及佛像梵筴等回國，開創戒光寺，和泉涌寺并稱為二大律剎，教化很廣。又泉涌寺俊荏的門弟子湛海、智鏡、道玄等也先后入宋訪問戒德、尋求律籍回國。對于日本律宗的發展作了有力的貢獻。
日本沙門在兩宋時代曾多次求得宋版大藏經如蜀藏、福州藏等回國，并時在奈良、京都、鐮倉各大寺中舉行一切經供養會，典儀很盛。對于中日佛教文化的傳通具有重要意義。
原由唐宋傳入的凈土念佛法門，在當時日本也逐漸流播。至十二世紀初，出身于天臺的高僧良忍（１０７２—１１３２）以《華嚴》、《法華》圓融無礙的教義融通念佛，開創了圓通念佛宗。隨后又有出身于天臺的高僧法然（１１３３—１２１２）確立純粹念佛、他力往生的教義，創立凈土宗。法然門下又有親鸞（１１７３—１２６２），著有《教行信證文類》，專修念佛，并帶妻弘教，開創凈土真宗。他這一宗在日本發展最盛，后并分為大谷和本愿寺等派。嗣后凈土宗下又出現了一位高僧一遍（１２３９—１２８９）游行念佛，創立時宗。另一方面，又有出身于天臺宗的高僧日蓮（１２２２—１２８２），奉持漢譯的《法華經》，以高唱“南無妙法蓮華經”題目為主，而新創了一個日蓮宗，后并分出若干流派。由于以上弘揚凈土念佛各宗和日蓮宗的興起，使佛教在日本更形大眾化，這是日本鐮倉時代（１１９３—１３８０）佛教的一大特色。當然這也是基于中國佛教的傳衍而形成的宗派。十三世紀間日本因元兵往侵而曾經和中國國交中斷，至大德三年（１２９９），元成宗遣江浙釋教總統普陀山高僧一山一寧和弟子石梁仁恭及曾到日游化過的平山萬壽寺禪僧西澗、士曇等往日本通好，受到日本朝野的歡迎和崇敬。他們并請一寧住建長、圓覺、凈智、南禪等大禪寺，后來一寧于１３１７年在日圓寂，被謚為國師。士曇也被請住圓覺、建長，１３０６年在日圓寂，謚號大通禪師。一寧在鐮倉、京都盛揚禪風，前后近二十年，門下造就的英才甚眾，其中如龍山德見、雪村友梅、無著良緣、嵩山居中、東林友丘等，都曾入元朝禮祖庭，重事參究。從此以后，元高僧被請到日弘化的，先后有東明惠日（原在明州白云寺開法，因日本書聘，于１３０９年渡日，歷住建長、萬壽、東勝、壽福等寺，行化三十年，朝野崇敬，于１３４０年在日圓寂）、清拙正澄（原住松江真凈寺，日本入元禪僧多數從他參學，于１３２６年應請東渡，歷主建長、凈智、圓覺、建仁、南禪等寺，實行中國禪林清規制度，并為開善寺開山初祖，１３３９年在日圓寂，謚號大鑒禪師。有《語錄》九卷、《大鑒清規》等若干卷）、明極楚俊（歷任雙林、徑山、靈隱、天童第一座，１３２９年日廷聘請東渡，歷主諸大名剎，化導甚廣，于１３３６年在日圓寂，謚號佛日焰慧禪師）、竺僊楚仙（與楚俊同時東渡，歷主建長、南禪、建仁諸寺，１３４７年在日圓寂，有《語錄》若干卷），此外又有東里弘會（１３０８年赴日弘化，受請住禪興、建長等寺，各方禪衲參請不絕，１３１８年在日圓寂）、靈山道隱（１３１９年赴日行化，主建長寺，寺規嚴整，七眾崇敬，１３２５年在日圓寂，謚號佛慧禪師）、東陵永玙（１３５１年東渡弘化，歷主天龍、南禪、圓覺、建長諸寺，１３６５年在日圓寂，謚號慧海慈濟禪師）等也相繼赴日弘化，接引彼邦學人。據師蠻的《本朝高僧傳》卷二十五說：“東渡宗師十有余人，皆是法中獅也。”可以想見我國古德在日本傳弘的盛況。
另一方面，日本禪師來元參學的也絡繹不絕，其中特出的有龍山德見（元僧一寧的弟子，１３０５年入元參東巖會，后又歷參諸方，復應請住隆興兜率寺，在元四十五年，１３４９年歸國，受足利幕府歸依，歷住南禪、天龍等寺）、遠溪祖雄（１３０６年入元，登天目山，師事中峰七年，并嗣其法，１３１６年歸國，開高清寺）、雪村友梅（１３０７年入元，歷訪名宿，曾被請住長安翠微寺，元文宗賜號寶境真空禪師，１３２９年回國，歷主諸大禪剎，有《岷峨詩集》）、嵩山居中（１３０９年及１３１８年兩次入元參學，曾為蔣山曇方忠會下的第一座，最后于１３２３年歸國，歷主名剎）、復庵宗已（１３１０年入元，師事天目中峰明本九年，明本寂后于１３２２年歸國，開創諸寺，門下的禪眾常二千人）、無隱元晦（和宗已一同入元，嗣法于中峰明本，１３２６年歸國，歷主圣福、圓覺、建長等名剎）、古先印元（１３１８年入元，歷事無見睹、中峰明本、古林茂等，１３２６年邀同清拙正澄赴日弘化，本人也歷主諸大名剎）、寂室元光（１３２０年入元，歷參中峰、元叟、吉林、清拙、靈石、絕華、無目、斷崖諸德，１３２６年歸國，后開永源寺）、物外可什（１３２０年入元，遍游江浙禪林，１３２９年邀同元僧明極楚俊到日弘化，本人也被請歷住崇福、建長等寺）、東洲至道（圓爾辨圓的法嗣，入元在大都創大覺寺，迄未回國）、月林道皎（１３２２年入元，師事古林清茂八年，并嗣其法，元文宗賜號佛惠智鑒大師，１３３０年歸國，開長福寺）、中巖圓月（１３２５年入元，歷訪雪竇、天寧、鳳臺謁靈石芝、古林茂等，１３３２年歸國，創吉祥寺，并歷住諸名剎，有語錄、詩集等）、不聞契聞（１３２６年入元，游歷天臺、靈隱、凈慈等山，參見諸老，１３３３年歸國后，主持圓覺寺）、古源邵元（１３２７年入元，謁華頂、天目、龍山、五臺諸山，又久居嵩山少林，在大都時曾預選入宮轉大藏經，１３４７年歸國，住大圣、等持、東福等寺）、無文元選（１３３９年入元，參福州古梅友、天寧楚石琦、大覺了庵欲、天目千巖長，于１３５０年８歸國，開方廣寺）、愚中周及（１３４１年入元，師事曹源月江印、金山即休了等，于１３５１年歸國，開創佛通寺）、大拙祖能（１３４３年入元，到福州參無言宣、東陽輝，后嗣天目千巖長，１３５８年歸國，風化九州，又移關東，開楞嚴寺，四方從學的達三萬人）、無我省吾（１３４８年和１３６３年兩次入元，歷參諸德，后在中國圓寂）等。當時中國禪學風范受到日本禪僧的非常崇慕，元僧清拙正澄在日圓寂后，他的徒眾二十五人曾同時入元參學；又大拙祖能于１３４３年入元游學時，他的同參一行數十人也相偕入元參習。其時日僧登天目山參叩中峰明本的人數很多，其中著名的即有遠溪祖雄、可翁宗然、嵩山居中、大樸玄素、復庵宗已、孤峰覺明、別源圓旨、明叟齊哲、平田慈均、無礙妙謙、古先印元、業海本凈、祖繼大智等人，可見兩國禪學的親緣關系。
一直到元末尚留在中國的日禪僧還不少，其中日沙門椿庭海壽，曾任凈慈第二座，又曾住應天府（南京）天界寺，明太祖選名僧校藏經時，他也被選參加，并蒙召見，詢問國情。洪武五年（１３７２）更住鄞縣福昌寺。又日沙門權中巽，曾于明初（１３６８）任杭州中天竺寺藏主。又日沙門無我省吾在牛頭山，曾受明太祖召見，賜以紫衣，后來即在明地圓寂。至洪武六年（１３７３）明太祖又特遣禪僧仲猷祖闡（寧波天寧禪寺住持）、教僧無逸克勤（金陵瓦官教寺住持）等出使日本，并遣在明的日僧椿庭海壽、權中巽二人為通事隨往；隨后日本也遣僧文珪、如瑤相繼使明。建文四年（１４０２）明惠帝又遣禪僧道彝天倫、教僧一庵一如等使日，嗣后日本也遣僧堅中圭密及祥庵梵云、明空等來明通商。乃至日足利幕府和明朝通商，也多以該國的禪僧為使節，而展開了中日海上的交通貿易。因而明代日僧來華的也還不少，其中值得敘述的則有絕海中津（１３６８年入明，參中天竺、道場、靈隱、天童的季潭泐、清遠渭、良用貞、了道一諸德，曾蒙明太祖接見并賦詩，于１３７６年回國，開創寶冠寺，后又被請住等持、相國等寺）、龍室道淵（明寧波人，后赴日本嗣法于圣福寺宏書記，１４３２年為遣明使入明，宣宗授以僧錄司右覺義之職，１４３４年返日，住天龍寺）、雪舟等揚（１４６８年從遣明使入明，他的畫法受到明憲宗欣賞，命為天童第一座，１４６９年返國）、了庵桂悟（原為東福寺僧，１５１１年八十三歲為遣明使，受明武宗崇敬，令住育王山廣利寺，賜金襕袈裟，１５１３年歸國，后住南禪寺）、策彥周良（天龍寺僧，曾于１５３９及１５４７年先后為遣明使入明。明世宗以詩和他唱和，他撰有《入唐〔明〕記初度集》、《再度集》共五卷，歸國仍住天龍寺，為朝野所尊敬）等數人而已。
至十七世紀，由于中日商舶往來頻繁，明僧真圓、覺海、超然先后被請往長歧，開創東明山興福寺和紫山福濟寺、圣壽山崇福寺，即所謂三唐寺。當時中國沙門多往游住。至明永歷八年（１６５４），福州黃檗山高僧隱元隆琦，因長歧崇福寺僧超然的再四邀請，于同年七月和他的門弟子泛舶到日弘化，又受江戶德川幕府的皈依，在宇治開創黃檗山萬福寺，舉揚黃檗的宗風，并設壇傳授禪門大戒，當時日本曹洞、臨濟兩宗的禪僧，紛紛投入他的會下，日朝廷并尊他為大光普照國師，１６７３年在日圓寂，年八十二；有語錄、法語各若干卷，《松堂集》、《太和集》各二卷等，被奉為日本黃檗宗的初祖。隨從隱元渡日的弟子，如大眉性善、慧林性機、獨湛性瑩、獨吼性獅、南源性派等都是一時的禪門英杰。嗣又有隱元的法嗣木庵性瑫、即非如一，分別于永歷九年（１６５５）、十年（１６５６）赴日，輔翼隱元的法化，時人稱為二甘露門。嗣后繼承日本黃檗山法席的列代禪師，如木庵、慧林、獨湛、高泉、千呆、悅山、悅峰、靈源、旭如、獨文、杲堂等人，皆是由中國前往弘化的高僧。而黃檗山的學修清規，如參禪兼念佛，平常用漢語，誦經用漢音，乃至飲食生活也都是中國式樣；比之日本原來的臨濟、曹洞兩宗，更富有中國禪學風味。直至第十四世以后，才有日人繼任法席；日本黃檗宗所屬各寺，至今仍保持有中國近代禪林的風范。
十九世紀以來，中日佛教間仍頻有接觸，而值得特別提出的是晚清楊文會在南京刊印經典、復興佛教，得到日本南條文雄氏的協助，代為搜求到許多我國已經佚失的古德著述，特別是法相唯識方面的章疏逸籍，有益于中國經典的重刻和佛學的研究。 | 
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