在蒙古族中的傳播
蒙古族與藏傳佛教的接觸最早是在成吉思汗時期。據《蒙古源流》記載，歲次丙寅（1206），成吉思汗征伐土伯特（吐蕃）之庫魯格多爾濟合罕，曾致書儀于兩喇嘛，其中說到：“‘我且于此奉汝（教），汝其在彼佑我乎！’由是收服格哩三部以下之三地八十萬黑土伯特之眾”。窩闊臺繼位后，了解到當時薩迦派在西藏的重要地位，曾想邀請薩迦三世扎巴堅贊，因事耽延。
最早皈依西藏佛教的蒙古族王室成員是闊端王子。窩闊臺繼位執政后，曾派他鎮撫秦、蜀、吐蕃等地。1240年，吐蕃全境歸元。翌年，率兵入藏的多達那布向在涼州的闊端報告說：“現今藏土唯噶當巴叢林最多，達隆巴法王（達隆噶舉派）最有德行，直貢巴（直貢噶舉）京俄大師具大法力，薩迦班智達學富五明，請我主設法迎致之。”闊端由此確定了利用宗教統轄西藏的策略，并選中薩迦派作為聯系的對象。
1244年，闊端寫信邀請薩迦四祖薩班·貢噶堅贊到涼州會晤，次年，薩班派八思巴等赴涼，他自己則于1247年與闊端會面。《蒙古源流箋征》（卷四）中說：“歲次丁未，（薩班）年六十六歲時謁見合罕（即闊端），遂塑獅吼觀音菩薩像，收服龍君，并與合罕灌頂，合罕之病即時痊愈，眾皆歡喜。此后，（闊端）即遵薩斯嘉·班第達之言，首興宗教于邊界蒙古地方。”《西藏王臣記》將闊端誤為元帝，作了類似的記載。從此喇嘛教在西部蒙古開始傳播，蒙藏關系發生了全新的變化。
闊端信仰喇嘛教有強烈的政治意向。他對薩班說過：“現在我以世人之法為治，你以佛法護持，這樣，佛法豈不廣傳天涯海角嗎？”薩班則寫信給西藏地方僧俗首領說：“此蒙古王之軍隊，多至不可勝數，字內當已悉附于彼。從彼者則禍福與共，非真誠歸附，陽奉陰違者，則王不認其為臣屬，且終必滅絕之。畏兀之境未遭涂炭，較前益為昌盛，人畜皆彼等所有。文官、稅吏及伯克皆自任之。漢人、唐兀（指西夏）、素波及其它諸國未滅亡之前，雖來朝貢，然不聽命，后皆窮促歸降為臣屬，今此各地既皆聽命，其伯克、稅吏、武官、文官亦多委派本土之賢者。”薩班明確表示臣屬于蒙古，闊端則承認薩迦派教主主持西藏政務。這樣，蒙古貴族通過以教輔政的辦法，更順利地收服了西藏。
闊端之后，蒙古王室大力扶植喇嘛教的是忽必烈。1253年，忽必烈西征入大理，班師途經六盤山，派使到涼州迎請薩班，表達了他對喇嘛教的敬意。此后接八思巴到上都與之會晤。據《歷代佛祖通載》記，八思巴時年15，見忽必烈，“知真命有歸，馳驛詣王府世祖官闈，東宮皆秉受戒法，特加尊禮。”1258年，忽必烈主持佛道辯論，八思巴為佛教代表，一舉奪魁。表明忽必烈支持喇嘛教在蒙古地區傳播的態度。1260年，忽必烈稱汗于開平，封八思巴為國師，并“授以玉印，任中原法主，統天下教門”。忽必烈接受八思巴為之舉行的灌頂儀式，并領受三次金剛乘密法甘露。至元六年（1269），遂升八思巴為“大寶法王”，“統領天下釋教”。至元十七年（1280）八思巴死，詔贈“皇天之下一人之上宣文輔治大圣至德普覺真智佑國如意大寶法王西天佛子大元帝師”。“自是，每帝師一人死，必自西域取一人為嗣，終元世無改焉。”
據《綴耕錄》記，自闊端至元亡的百余年中，“累朝皇帝，先受戒九次，方正大寶”。上自皇帝、宗室、后妃，下至王公、大臣、顯宦、庶士，無不歸敬喇嘛教。有元一代，京城廣建寺廟，香火繚繞。這對于當時的和以后的蒙古社會，影響至深。
蒙古統治者扶植的喇嘛教不限于薩迦派，對于噶瑪噶舉也是關照備至。從忽必烈和蒙哥分別接見噶瑪拔希，并由此發展為黑帽系以來，直至元順帝父子，這一系統也一直在皇室中傳授密法。
在入主中原的蒙古貴族普遍歸依喇嘛教的時候，蒙古族民間依然信奉傳統的薩滿教。薩滿教是一種原始信仰，與西藏的苯教在形式上沒有大的差別。雖有少數喇嘛活動，但影響不大。喇嘛教廣傳于蒙古族民間，是元亡以后的事了。
元亡以后，蒙古各部在大漠南北裂土割據，各自為政，互相征伐，與明帝國也屢開戰端。連年的戰爭使脆弱的游牧經濟受到摧殘，人口銳減。廣大牧民渴望和平與安定，一些部族首領則力圖擴大自己的實力范圍，有的還想重新恢復蒙古的統一。這種錯綜復雜的形勢，使蒙古各部普遍注目于喇嘛教，其中，16世紀中葉興起的漠南蒙古土默特俺答汗（1507—1581），在將喇嘛教推行到蒙古地區方面邁開了關鍵性的一步。
明嘉靖四十五年（1566）俺答汗的從孫徹辰臺吉奉命進兵藏區時，向那里的地方首領和大喇嘛提出：“爾等若歸附于我，我等共此經教。不然，我即加兵于爾”。結果，“收復三部落圖伯特”，徹辰臺吉本人為軍事上的需要，首先皈依了喇嘛教。此后，他就向俺答汗進言：“今汗壽已高，漸至于老，事之有益于今生以及來世者，唯在經教，先賢曾言之。今聞西方純雪地方（指西藏），有大悲觀世音菩薩出現，祈遣使請來”。同時勸請俺答汗仿效忽必烈和八思巴的故事。隆慶五年（1571），黃教三世達賴索南嘉措派阿升喇嘛向俺答汗傳教，“因而俺答汗、鐘金哈屯（三娘子）以下，舉國部屬始皈佛教。”從萬歷二年（1574）起，俺答汗多次派人赴藏邀請索南嘉措前來蒙古。據說青海湖畔的“仰華寺”就是俺答汗為邀請索南嘉措所建，并請萬歷賜名的。
萬厲六年（1578），俺答汗與索南嘉措在仰華寺會面，并召開規模宏大的法會，聚眾10萬人，受戒的蒙族多達千人，僅土默特部就有108人出家為僧。以俺答汗為首的蒙古貴族接受灌頂，奉獻馱馬珠寶無算。索南嘉措則為蒙古喇嘛制定了若干條例。他強調戒殺行善，用以勸止蒙古大量宰殺牲畜和殉葬祭祀的習俗，同時商定舍棄薩滿教，將供昂古特神改供佛像。在徹辰臺吉的啟發下，俺答汗宣稱自己是忽必烈的化身，索南嘉措是八思巴的化身，并互贈尊號，此前一年，俺答汗曾發兵進攻西藏，中途敗北。至此，他宣布皈依佛教，停止攻擊。及至他回到土默特川，開始扶植喇嘛教在蒙古地方的傳播，在今呼和浩特立廟，以八寶裝飾佛像，博碩克圖濟農（卜失兔）將一百零八函《甘珠爾》也飾以寶石金銀供養。這就是內蒙古地區的第一座寺廟甘珠爾廟。此后，黃教寺廟接連建成，如今呼和浩特一帶著名的大召（明廷賜名弘慈寺）、席力圖召（延壽寺）、慶緣寺、美岱召（壽靈寺）等都是。
萬歷十一年（1583），俺答汗卒，他的繼承人僧格都棱汗邀請蒙古各部汗王及三世達賴為俺答汗會葬，索南嘉措來后，借機講經說法，蒙古右翼各部先后皈依黃教。有的汗王還強制他的屬民信仰黃教，違者“抄沒其帳房和牲畜”。十四年（1536），索南嘉措在今呼和浩特為俺答汗舉行了祈禱儀式和葬禮。次年，應蒙古左翼察哈爾部圖門汗的重禮聘請，到蒙古東部講經說法，黃教由此傳入左翼蒙古各部。同年，漠北喀爾喀部阿巴岱汗，遠道前來拜會素南嘉措，索南嘉措贈給他“諾門汗牙齊瓦齊爾可汗”的尊號。喀爾喀蒙古早有紅教傳播，至此，阿巴岱汗改信黃教，領受佛教要旨，迎經典回去，在今烏蘭巴托建立了喀爾喀第一座黃教寺院額爾德尼召（光顯寺）。此后，阿巴岱汗曾派人赴藏延請喇嘛，也邀請土默特部的邁達里呼圖克圖到喀爾喀傳教。
索南嘉措對格魯派喇嘛教向內外蒙古的傳播起了巨大作用。他回藏后，安排棟科爾呼圖克圖（又號察汗諾們汗）為代理人常駐蒙古，繼續將黃教向東西蒙古推廣。西蒙古和碩特部首領拜巴噶斯曾迎棟科爾到西蒙傳教，影響所及，各部領主紛紛皈依，32個首領各派一子出家，著名的咱雅班第達就是拜巴噶斯的義子。
縈南嘉措臨終留下遺言，說他將轉世在俺答汗的家族中，于是俺答汗的孫，蘇密爾代青洪臺吉之子成了轉世“靈童”，是為四世達賴。“達賴喇嘛的化身既降生于達延可汗的黃金氏族，而今才將宗喀巴的宗教在蒙古之國顯揚得如太陽一般。”
17世紀初，察哈爾部的林丹汗組織人力，將藏文《大藏經》中的《甘珠爾》譯成蒙文，豐富和活躍了蒙古的思想文化。
黃教在蒙古族地區如此迅速廣泛地傳播，反映了蒙古社會的重大變化。蒙古各部之間長期處在武裝割據的狀態，宗法的軍事統治是主要的統治形式，原始的薩滿教已經不能滿足維系部族團結、穩定民心的需要，更不能成為聯合各部統一的文化宗教紐帶。在各部族的內部，疲憊不堪的戰爭使經濟枯竭，人力下降，人民生活貧困饑餓，階級對抗日趨尖銳。在這種形勢下，曾經利用喇嘛教成功地控制過西藏的蒙古封建主，再次選擇了喇嘛教來解決本民族的內外困境，滿足進一步發展的需要，就有一定的必然性。這是因為兩個民族的社會文化條件大致相近的緣故。
崇禎十三年（1640），喀爾喀蒙古與西蒙古封建主集會，制定《蒙古·衛拉特法典》，明確規定了保護和扶植黃教的政策。封建主們爭相把土地、牲畜、金銀財寶等布施給喇嘛廟，同時免除寺廟喇嘛的兵役、賦稅和其它封建差役。《蒙古·衛拉特法典》和《喀爾喀法典》則更詳細地規定了各級喇嘛的種種政治特權，使寺廟和喇嘛形成一股新的社會政治勢力，逐步參與和左右蒙古的政治形勢。
明、清兩代在蒙藏地區繼續推行扶植藏傳佛教的政策，對于它在蒙古地區的傳播，起了重要作用。明王朝為解除蒙古貴族的軍事侵擾，希圖用佛教溝通雙方的友好交往，對“出塞傳經頗效勤勞”的喇嘛一一封賞。凡蒙古地區迎送達賴喇嘛，都給予各種便利和支持，在王朝中央直轄的蒙藏交通線上，開設臨時市場，供應各種物資。還在北京印制金字藏經，制造各種法器，送往蒙古；又派去各種工匠，提供建筑材料，支援修建寺廟。一般認為，從黃教傳入蒙古到明亡的數十年中，雙方沒有發生大的戰爭，這也為有清一代沿襲前明國策，提供了一面鏡子。清魏源在《圣武記》中說：蒙古自俺答汗敬信黃教，“中國大臣高拱、張居正、王崇古，張弛駕馭，因勢推移，不獨明塞息五十年之烽燧，且開本朝二百年之太平”。在客觀上，有利于蒙漢藏各族人民的相互了解和友好聯系。
清朝中央進一步強化了對蒙藏地區的直接管轄，更特別看重喇嘛教對蒙古的作用。魏源所謂“以黃教柔馴蒙古”，正是清帝國的基本國策。昭梿在《嘯亭雜錄》中說到清帝“寵幸黃僧，并非崇奉其教，以祈福祥也，只以蒙古諸部敬信黃教已久，故以神道設教，籍杖其徒，使其誠心歸附，以障藩籬，正王制，所謂易其政不易其俗之道也”。乾隆說得簡煉：“興黃教即所以安眾蒙古”。以此安定邊陲，鞏固中央集權。
有清一代在北京、多倫諾爾、承德等地修建黃教寺廟40余座。蒙古地區興建寺廟更多，草原上出現許多華麗的寺廟建筑群，僅漠南就是“旗旗有廟”，估計總數上千，有的大廟喇嘛人數多達數千人。正由于清廷對喇嘛教取“神道設教”的態度，所以頭腦始終是清醒的，乾隆在《喇嘛說》中列舉了元朝曲庇喇嘛的歷史教訓，告誡皇室子孫決不可無限崇拜黃教，以致造成亡國災亂。對喇嘛教在蒙古地區的發展，限制在不造成對清政府的威脅范圍之內，對利用黃教進行反清活動，保持高度警惕。
在西夏的傳播
西夏于宋景祐五年（1038）建國于今寧夏銀川。這個地區早就有佛教流行，建國后趙元昊命人創西夏文，用以翻譯的佛典不少。藏傳佛教傳入的確切時間不明。西夏仁宗（1140—1193）時，在大度民寺舉行的大法會上，同時誦讀藏、漢文藏經，說明西夏早已接觸藏傳佛教。仁宗很崇敬噶瑪噶舉的創始人都松欽巴，曾遣使入藏專程迎請。都松欽巴派其弟子藏索格西前來，被西夏王尊為上師，開始翻譯佛經。后來當都松欽巴在著名的粗卜寺建白登哲蚌寶塔時，西夏王又獻赤金纓絡及幢蓋諸種飾物。此后，薩迦派三祖扎巴堅贊的弟子瓊巴瓦國師覺本，也被西夏王奉為上師。傳說，成吉思汗征服西夏時，曾向西夏王的上師后藏人通古娃·旺秋扎西請問佛法，這位上師屬于蔡巴噶舉。由此可見，至少在西夏后期，藏傳佛教的噶瑪噶舉、蔡巴噶舉和薩迦派已傳入西夏。
敦煌莫高窟晚期西夏洞窟中的佛教遺跡，帶有濃厚的藏傳佛教密宗色彩。在已發現的西夏文佛經中，有相當部分譯自藏文，前蘇聯所藏西夏文佛經中，有的就明確標出“據藏本翻譯”。在用西夏文的一些寫經中，有的在每個西夏字旁，注以藏文讀音。
藏傳佛教在西夏占有重要地位，對西夏西部的影響尤為強烈。
在青海的傳播
早在唐代吐蕃東進時，就有西藏沸教隨之傳入青海。達磨滅佛，西藏僧侶紛紛前來避居，藏傳佛教在青海開始落腳扎根。元朝，中央設置專管喇嘛教和吐蕃地區的總制院（后改稱宣政院），由帝師負責，致使青藏高原“帝師之命與皇帝詔敕并行”，僧俗官員共管軍務民政。西藏僧侶經青海而往來內地絡繹不絕。青海地區的喇嘛教空前繁盛起來。元順帝至正年間（1341—1368），寧瑪派和噶舉派先后在青海化隆、玉樹等地傳播，建造了夏瓊、拉秀等寺院。此后薩迦派在西藏失勢，一部分僧侶流亡到青海，也建立一些薩迦派寺院，后均改歸黃教。明嘉靖三十九年（1560），藏族仁慶宗哲嘉措在宗喀巴的出生地、今湟中縣魯沙爾鎮修建了袞本堅巴林寺，黃教在青海東部廣泛流傳起來。這時，蒙古俺答汗駐牧青海湖地區，皈依黃教，迎請三世達賴，使黃教在青海的勢力大增，寧瑪派退到了黃河以南及果洛地區，噶舉派和薩迦派則被擠到了玉樹地區。明萬歷二十四年（1596），黃教在袞本堅巴林原址上，建成了著名的塔爾寺。三十二年（1604），四世達賴派人在今互助土族自治縣威遠堡以東建成郭隆寺（今佑寧寺）。清順治四年（1647），在今大通縣橋頭鎮東北建郭莽寺（今廣惠寺）。黃教在青海得到了最廣泛的流傳。雍正元年（1723），和碩特部蒙古親王羅卜藏丹津發動反清叛亂，“青海寺院多蟻附”。叛亂平息后，清政府對青海寺院嚴加整飭，大批僧侶流落甘南一帶，歸附拉布楞寺及其屬寺。
在甘肅的傳播
今甘肅的甘南藏族自治州、天祝藏族自治縣和肅南裕固族、肅北蒙古族聚居地都曾經是喇嘛教的流行地區。
甘南藏區是歷史上安多藏區的組成部分，達磨滅佛時，有些吐蕃僧侶來到安多，這里開始受藏傳佛教的影響。13世紀蒙古勢力占據河西，薩迦派曾到過武威一帶。明清對北方少數民族聚居區實行扶植喇嘛教的政策，黃教勢力也進入甘肅藏區。康熙四十七年（1708），和碩特部蒙古固始汗的曾孫察汗丹津，派人赴藏物色高僧來甘南建寺；翌年，拉薩哲蚌寺的嘉木洋應請前來選定寺址；四十九年開始興建，這就是著名的拉布楞寺。察汗丹津布施了大量資財，寺成后，他奉獻三個部落的屬民、土地作為寺院的“香火戶”，其他蒙古貴族如額爾德尼臺吉等，也有屬民、土地等供奉。這樣，拉布楞寺就擁有相當雄厚的政治和經濟實力。康熙五十七年（1718），嘉木洋受清帝封號“扶法禪師班智達額爾德尼諾門罕”，準著黃馬褂；乾隆三十七年（1772），嘉木洋二世活佛受乾隆敕封前后，又建起許多屬寺，同時，加強和完善拉布楞寺的組織機構，進一步擴大寺院集團政教合一的權力。此后，嘉木洋三、四、五世歷受清王朝的封賜，勢力日增，轄地更廣，屬寺多達108座，廣布甘、青藏區。嘉木洋以下，有“四大法臺”、“八大堪布”等一批大小活佛，常住僧侶2千余，多時達4千人。寺內有六大扎倉、十八昂欠（活佛大院）、辯經壇、藏經樓、印經院、金塔等許多大型建筑。
拉布楞寺以講經持律、治學嚴謹而聞名，產生過許多有學識的高僧大德。嘉木洋一世闡發佛教五部大論的著作，被很多寺院奉為必讀課本。《青海塔爾寺志》（嘉木洋二世著）、《水樹格言》（貢塘倉二世著）、《安多政教史》（哲貢巴倉三世著）、《善說諸宗源流及教義晶鏡史》（土觀·卻吉尼瑪著）等著名詩集和重要宗教史籍，都出自這個系統。
在新中國成立以前，裕固族地區共有十個黃教寺院，分布在各個部落，幾乎每個部落都有自己的寺院，故有“什么寺院屬什么家（部落）”的說法。最早的是建于明末的黃番寺和建于清順治年間的景耀寺，其它多建在雍正、光緒年間。其中康隆寺、紅灣寺、夾道寺屬青海大通縣的郭莽寺管轄，其余受青海互助縣的佑寧寺管轄。寺院的規模都不大，內部組織也不嚴密。寺院是部落活動的中心，寺院上層與部落頭人關系密切，部落的重大事務都由他們商量決定。寺院中的喇嘛可以結婚生子，另立家庭，除宗教節日和法會期間在廟內誦經外，平時大多在家參加農牧業勞動。寺院占有少量牲畜、牧場，租給牧民，收入用于放會、念經開支。每個寺院都有定期的法會，如正月大會、四月大會等，每月十五還有一次小會。正月、六月的大會還舉行跳“護法”（跳神），宗教負擔向群眾攤派。據1979年調查，這個民族只有8800余人，而黃教的影響卻如此深刻。
在四川的傳播
四川的藏傳佛教主要分布在今甘孜藏族自治州、阿壩藏族羌族自治州和木里藏族自治縣等藏族聚居區。當西藏佛教從11世紀中葉以后次第形成各種教派的時候，就陸續傳進四川藏區，建成一批寺院，其中屬寧瑪派的噶陀寺，12世紀由伽當巴·德謝喜巴喜建于今白玉縣北，受歷代德格土司的支持，寺主由轉世相承，以財產富足著稱；另一寧瑪派的佐欽寺，康熙二十三年（1684），德格土司阿旺扎西建于德格東北，是該派在康區的最大寺院，屬寺百余座，遍布阿壩、甘孜和青海玉樹等地；佛教學術水平較高，國內以及不丹、尼泊爾等地的寧瑪派僧人經常來此求學。屬寧瑪派的還有白玉寺，17世紀由仁增袞桑喜饒創建于今白玉縣城附近，與八幫寺關系密切，屬寺近百，分布在阿壩、甘孜、青海果泊、西藏昌都的江達等地。噶瑪噶舉的八幫寺，由司徒卻吉瓊乃建于雍正五年（1727）的德格，是康區最大的噶瑪噶舉派寺院，直到1957年還有僧五百多，屬寺七、八十，遠達云南麗江。此外，18世紀40年代由第十二代德格土司曲吉·登巴澤仁出資興建了德格印經院，出版的藏文典籍，除藏文《甘珠爾》外，尚有天文、地理、歷史、哲學、醫學、文學等各類書籍，共326部，4500余種，對發展藏族文化起了很大作用。
從13世紀到19世紀中葉，歷經無、明、清三朝，四川藏區分別受著由中央王朝分封的土司統治。土司將大量土地、農奴贈給寺廟，同時也控制了寺廟實權。在自己的轄區內，以一兩個較大的寺廟為主，下轄若干小廟，構成遍布各個角落的統治機構。這些寺廟既是宗教活動場所，也是經濟實體，同時擁有武裝和監獄。直到新中國成立以前，四川藏區還有喇嘛寺廟七、八百座，共有僧尼10余萬人。不少地區喇嘛占當地成年男性的半數以上，這是由于僧俗統治者強制推行“二男抽一”或“三男抽一”造成的。
在云南的傳播
藏傳佛教在云南主要流傳在迪慶藏族自治州，和有藏族散居的麗江、貢山等縣。13世紀中葉左右，寧瑪派和噶舉派傳入云南藏區。明末清初，黃教傳入中甸，與前此傳入的兩教派發生沖突，拆毀他們的13座寺廟，建成黃教大寺。清雍正年間，該寺奉敕易名歸化寺，喇嘛1200余人，由清廷發給度牒，每年供給每人青稞7斗和其它費用。到1949年，迪慶藏區尚有喇嘛寺廟24座，黃教占一半；共有喇嘛4千余人，尼姑68人，活佛40人。
云南另有少部分納西族信奉藏傳密教和漢地禪宗。寧瑪派從藏區傳來，漢地佛教禪宗從內地傳來，同時匯集到麗江為止，因此麗江既有喇嘛廟宇，又有禪宗寺院。
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