原分布于額爾古納河流域的蒙古人，在成吉思汗的率領下，統一大漠南北，于1206年建立蒙古汗國。1260年，忽必烈在開平（內蒙古正藍旗東）即帝位，1271年定都大都（北京），國號大無。1279年消滅南宋，征服全國，成為漢唐以來中國歷史上版圖最大的王朝，其疆域東起海岸，西到新疆，南至海南，北領西伯利亞大部，東北起自鄂霍次克海，西南囊括云南西藏。到1368年朱元璋攻克大部為止，有元11帝，98年。
1.元代喇嘛教
從成吉思汗時起，蒙古統治者就試圖把喇嘛教作為聯系西藏上層的重要紐帶。西藏歸順蒙古后，忽必烈特別支持薩迦派的發展。建都燕京后，以八思巴為國師、帝師，統領天下釋教，推動了喇嘛教在藏、蒙和北方部分漢民地區的傳播。在大一統的國家內，空前密切了藏蒙、藏漢等各族之間的思想文化交流，加強了西藏和中央政權的聯系。
從八思巴開端，終元之世，歷朝都以喇嘛為帝師。新帝在即位之前，必先就帝師受戒。帝師也是元中央的重要官員，領中央機構總制院事。總制院后改稱宣政院，是中央管轄全國佛教和西藏地方行政事務的機構。因此，帝師不只是喇嘛教和西藏地方的領袖，而且也是全國佛教的首腦。此外，中央又在南宋都舊杭州設置江南釋教總統所，任命喇嘛僧統理，直接管轄江南佛教，后并入宣政院。喇嘛教統治著全國佛教。
喇嘛僧在元代享有各種政治、經濟特權。宣政院曾規定：“凡民毆西僧者，截其手；罵之者，斷其舌。”喇嘛教上層實際上成了元代的一個特殊階層。他們中有些人飛揚跋扈、為非作歹、掠奪財物、殘害民眾，為害不可勝言。如帝師相璉真伽，元世祖時為江南釋教總統，他利用職權，劫掠財物、發掘陵墓、戕殺平民，干盡壞事，事發被查抄時，除金銀珠玉之外，有田2萬3千畝、私庇不輸公賦者2萬3千戶，將民50余萬變為佃戶，另有藏匿未露者不計其數。元朝賞賜給大喇嘛的金銀財寶，多至無法估計，史書中有“國家財富，半入西蕃”的評語。元王朝最終也陷進了喇嘛教的腐敗之中，其中內宮丑聞迭出，是表現之一。
元統治者之所以大力扶植喇嘛教，最初的用意在于把它作為溝通西藏關系，羈縻邊遠居民（包括畏兀兒等）的手段。《元史·釋老傳》曰：“元起朔方，固已崇尚釋教，及得西域，世祖以地廣而險遠，民獷而好斗，思有以因其俗而柔其人，乃郡縣土番之地，設官分職，而領之于帝師。”事實上，信仰的成分甚少，主要是出于“因其俗而柔其人”的政治目的。另外，元王朝作為少數民族上層建立的政權，也有意使喇嘛教在控制漢民族中起作用。
2.元帝室與佛教
元朝雖以藏傳佛教為國教，但對其它宗教如漢地佛教、儒教、道教，乃至外來的回教、基督教等，也不排斥，取寬容姿態。漢地佛教與藏傳佛教有許多共同點，作為佛教一般，均為歷代帝室所崇尚。
元世祖忽必烈帶頭祟佛，他于“萬機之暇，自持數珠，課誦、施食”。1261年建大乾元寺、龍光華嚴寺。1285年，“發諸衛軍六千八百人，給護國寺修道”。他對佛事也很熱心，1285年，于西京普思寺集全國僧侶4萬人舉行資戒會7日，并令帝師于各大寺廟做佛事19會。1287年，命西藏僧侶在宮廷以及萬壽山、五臺山等地舉行佛事33會。忽必烈曾自述：“自有天下，寺院田產，二稅盡蠲免之，并令緇侶安心辦道。”這在宋遼是沒有的。
此后諸帝對待佛教，大部依世祖的范例辦理。如成宗大德元年（1297），建臨洮寺，又在五臺絕境建萬壽依國寺。五年（1031），“賜昭應宮、興教寺地各百頃，興教寺仍賜鈔萬五千錠；上都乾元寺地九十頃，鈔皆如興教之數；萬安寺地六百頃，鈔萬錠，南寺地百二十頃，鈔如萬安之數。”這種營造大寺院和大規模賜田賜鈔的風氣，有元一代幾乎沒有中斷。其結果，“凡天下人跡所到，精蘭勝觀，棟字相望”。兩宋以來逐漸穩定、衰退的佛教，又有了新的高漲。據至元二十八年（1291）宣政院統計，當時境內有寺4萬2千余所，僧尼21300余人，加上偽濫僧尼，至元代中葉，總數約在百萬左右。由于帝室對佛教的多方庇護，一些寺院大量兼并土地，甚至公然侵奪公田、民戶。成宗時，常州僧錄將官田280頃歸為己有；仁宗時，白云宗總攝沈明仁強奪民田2萬頃。大德三年（1299）統計，僅江南諸寺即擁有佃戶50余萬。元代寺院除經營土地，也從事各種商業、手工業活動，各地當鋪、酒肆、碾硙、貨倉、旅店、邸店等多為寺院所有，比之宋代還要活躍。
3.漢地佛教諸宗
元代漢地佛教以禪宗為主流。北方有萬松行秀、雪庭福裕一系的曹洞宗和海云印簡一系的臨濟宗；南方有云峰妙高、雪巖祖欽、高峰原妙、中峰明本、元叟行端等所傳的臨濟宗。總的說，曹洞盛于北方，臨濟盛于南方。
行秀在入元后應耶律楚材之請，著《從容錄》，其影響稍遜于《碧巖錄》，也是文字禪的典范。耶律楚材后應成吉思汗之召，扈從西征，深受器重。成古思汗死后，他被窩闊臺任命為中書令，從事“以儒治國，以佛治心”的實踐。福裕隨行秀出家，先住燕京奉福寺，后住嵩山少林寺，門下弟子相承，綿延不絕，成為曹洞宗在北方的主力。福裕受定宗詔住和林興國禪寺，受憲宗召詣帳殿奏對稱旨，又受世祖“光宗正法”賜號。仁宗皇慶元年（1312），制贈福裕大司空、開府儀同三司，追贈晉國公。
海云印簡曾為忽必烈說法傳戒，住正定臨濟院，在北方中興臨濟宗。他的在俗弟子劉秉忠，在忽必烈時參決軍政大事，世祖即位后，負責起草朝儀、官制等典章制度，在元初有很高的政治地位。
南方臨濟宗屬楊岐派法系。云峰妙高曾北上參加元世祖召集的禪、教、律三宗辯論。雪巖祖欽得法于徑山師范，他的《語錄》強調儒釋一致。高峰原妙初習天臺，后學參禪，成為祖欽弟子。中峰明本得悟于原妙，是元代重要禪僧，丞相脫歡和翰林學士趙孟煩等曾從他學禪。他的弟子天如惟則在前人基礎上，進一步提倡禪凈合一。以上為克勤下虎丘紹隆一系所傳。元叟行端則為克勤下大慧宗杲一系所傳，大約與明本同時，他的弟子楚石梵琦也是當時知名的禪僧。
受宋代佛教影響，天臺宗在杭州、天臺一帶仍繼續傳播。活動于杭州的湛堂性澄，于英宗至治二年（1321）應召入京校大藏經，其弟子玉崗蒙潤住杭州下天竺寺，著《天臺四教儀集注》，為天臺宗的入門著作。性澄另一弟子絕宗善繼住天臺山，晚年專修凈土。
元代華嚴宗仍主要傳播于五臺山。仲華文才為五臺山佑國寺主持，其弟子有五臺山晉寧寺的大林了性等，有一定影響。
4.白蓮教與白云宗
在傳統佛教宗派外，元代江南地區還流行白蓮教和白云宗等教團。
白蓮教是在宋代結社念佛、凈土信仰廣泛發展的情況下產生的。它在初創時期是佛教的一個世俗化教派，但在后來則演化為民間秘密教團。
白蓮教創于南宋初年江蘇吳郡延祥院僧人茅子元。據《蓮宗寶鑒》，茅子元先學天臺教義，習止觀禪法，后慕東晉慧遠蓮社遺風，“勸人歸依三寶，受持五戒”，“念阿彌陀佛五聲，以證五戒”；制定晨朝禮懺儀，勸人信仰西方凈土。他在江蘇青浦縣的淀山湖邊，建立“蓮宗懺堂”，修持凈業，自稱“白蓮導師”。他提倡吃齋念佛，不殺生，不飲酒，男女僧俗共同修持。因其斷肉食菜，故又名白蓮菜。
白蓮教的教義以為，凈穢迷悟只是一心作，根據心的染凈程度，眾生所生凈土才有高下差別，因此，它要求把修心與修凈土結合起來。在民眾中得到迅速傳播。紹興初年，當局以“食菜事魔”的罪名將茅子元流配江州（江西九江），三年（1133）被赦，宋高宗召見，并賜“勸修凈業蓮宗導師慈照宗主”的稱號。子元死后，小茅阇黎等人繼續倡導，使白蓮教盛行于南方。
元代白蓮教與民間信仰逐漸融合，群眾基礎日益廣泛，政府屢屢感到不安。武宗至大元年（1308），詔令“禁止白蓮社，毀其祠字，以其人還隸名籍”。由于廬山東林寺普度撰《廬山蓮宗寶鑒》，解釋子元白蓮教正義，加上白蓮教其他上層人物的積極活動，一度恢復它的合法地位。但白蓮宗的下層則轉向秘密發展，教義也有變化，成了鼓動和組織農民反抗統治者的手段，終于導致了元末農民的大起義。
白云宗原屬華嚴宗的一支，又名白云菜或十地菜，是北宋末年居杭州白云庵的沙門孔清覺（1043—1121），提倡菜食為主，吸引在家信眾而建立的一個團體。
清覺以為唯《華嚴經》教義是“頓教”，屬“菩薩十地”中第十地，因而是引導眾生成佛的“佛乘”，需要特別加以弘揚。他依據華嚴宗圓融無礙之說，著力提倡儒釋道三教一致，認為儒教明乎仁義禮智信，忠孝君父；佛教慈悲救苦，化誘群迷；道教則寂默恬淡，無貪無愛。雖然各有特點，其義則一。白蓮宗僧人可娶妻生子，白云宗則不許娶妻，但強調信徒要耕稼自立。其余在戒葷戒酒戒殺等方面兩宗大體相同。在浙江西部農村中，白云宗得到很多信徒，據說往往有以修懺念佛為名。男女混雜穢亂的情況，被視作“邪教”。政和六年（1116），清覺被發配廣南恩州（廣東恩平），四年后獲釋。南宋嘉泰二年（1202），有奏曰：道民“吃菜事魔，所謂奸民者也。自植黨與，十百為群，扶持妖教，聾瞽愚俗。或以修路建橋為名，或效誦經焚香為會，夜聚曉散，男女無別，所至各有渠魁相統……假名興造，自豐囊囊，創置私庵，以為逋逃淵藪”，請禁止流行。寧宗準奏。
到了元代，白云宗一度有較大發展，杭州南山普寧寺成為該宗中心。該寺住持道安組織雕刻了又一部大藏經，名《普寧藏》，除了復刻宋代思溪《圓覺藏》外，還加入了白云宗的撰述和元代新譯經。元仁宗延祐七年（1320），白云宗再次遭到嚴禁。
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