13世紀左右，原有的孟加拉佛教已經衰微。但是有一些原來居住在中印度比哈爾地區的摩謁陀國佛教徒為了躲避異教徒的迫害，長途跋涉遷徒孟加拉，定居于吉大港山區。他們屬藏緬語族的少數民族，自稱釋迦族后裔，但學術界一般稱為查克瑪族。現代的孟加拉地區和緬甸接壤，因此一些有緬甸血統的民族，約與查克瑪族同時徒居此地，被稱為馬爾瑪族、拉凱因族和波曼格族。他們都是一些虔誠的佛教徒。這些新到來的佛教徒與當地的印度教徒長期相處，受以印度教的影響，吸收了一些印度教的神祗和儀式。同時，伊斯蘭教的影響和勢力逐漸增強，最終成為孟加拉的最大宗教，印度教和佛教成為少數派宗教。
18世紀孟加拉佛教開始復興，一些僧人紛紛到鄰國緬甸禮佛求學。旃德羅約迪長老是近代最早去留學的僧人，曾對孟加拉佛教的復興起過重要作用。1887年僧科里帕色納在吉大港創立"孟加拉佛教協會"，同時，外地來孟加拉的僧人沙拉米特拉也在此宣教。統一的僧伽開始分裂，出現了幾個不同的佛教派別。1947年英國政府對南亞次大陸實行分治政策，孟加拉地區被分為二部分，一部分地區屬于印度西孟加拉邦，吉大港山區劃歸巴基斯坦，孟加拉佛教成為巴基斯坦佛教，亦稱為東巴基斯坦佛教，進和了一個新的時期。
東巴的佛教組織成為巴基斯坦的主要佛教中心，代表巴基斯坦佛教參與世界佛教組織的活動。1947年威蘇特難陀長老創立了東巴佛教文化宣教會，總部設于達卡。原來的印度孟加拉邦佛教協會也一分為二，獨立的孟加拉佛教協會從中分出，總部仍設在吉大港。從此，東巴的佛教即由上述兩大系統組成。前者地處東巴首府，與政界關系良好，從1950年起就派人參加世界佛教徒的活動與會議，在國外頗有影響。后者活動于佛教徒聚居區在教徒中頗有勢力。巴基斯坦憲法規定國家顧問委員會中有佛教一個名額，政府每年補助佛教界一萬盧比。但是，由于佛教徒和印度教徒在巴基斯坦居于少數地位，并和居于多數地位的穆斯林不斷發生宗教糾紛，特別是吉大港山區信仰佛教的最大部族--查克瑪族始終反對政府把穆斯林遷徒到該區定居，因此佛教徒往往和印度教徒站在一起反對政府，為獨立后的孟加拉國內種族、宗教糾紛埋下了伏筆。
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