與前期相比，中后期歷代國玉更加崇奉佛教。他們當中有不少人受菩薩戒，經常讀經拜佛。常請禪僧說禪，設百座法會請僧講經，舉辦各種修懺法會，或求雨，或祈福消災，或求國泰民安，公元10世紀末至11世紀初，北方契丹3次入侵，11至12世紀之交，女真入侵，13世紀，蒙古前后6次入侵。

　　在這種情況下，篤信佛教的國王一再到寺院設供，舉辦法會，甚至發愿和實施雕印《大藏經》，祈求佛菩薩和善神的佑助，擊退外敵，國王濫建寺院，度良民為僧，向寺院施舍大量土地財物，對國家財政構成嚴重危脅。忠宣王五年（1313）讓位于忠肅王，自為“上王”，每天飯2千僧，點2千燈，5日可飯僧1萬，點燈1萬，稱之為“萬僧會”。浪費之大由此可見。

　　由于佛教勢力急劇膨脹，僧侶在政治上的影響也增大。

　　仁宗（1123—1146在位）寵信的僧人妙清，權勢很大，最后謀反，遭到朝臣殺害。恭愍王（1352—1374在位）寵信僧人遍照（辛旽），讓他參與國政，權力傾朝，“百官詣門議事”，后以“謀逆”罪被朝臣處死。此外，在明宗（1171年）和高宗時（1217年）都發生僧人武裝暴亂事件，人數成百上千，被殺的很多。

　　關于高麗中后期社會上流行的佛教宗派，史書上有所謂“五教二宗”的說法。但具體所指，有不同的見解。常見的說法說：“五教”包括戒律宗、法相宗、法性宗（三論宗）、圓融宗（華嚴宗）、天臺宗；“二宗”指禪寂宗（禪宗）以及新成立的曹溪宗（也屬禪宗系統）。但在一般書中，“五教二宗”往往是整個佛教界的代稱，如元宗二年（1261）“設五教法席于內殿”，十四年（1273）“幸賢圣寺，集五教兩宗僧徒”，恭愍王十九年（1370）“設工夫選，大會兩宗五教袖子”等等。“五教”簡稱“教”，指禪宗以外的以佛教經論為依據的宗派，“二宗”簡稱“宗”，指“教外別傳”的禪宗。

　　為選拔高級僧人指導傳教和管理僧尼事務，從高麗初期就開始設置僧侶考試制度，至宣宗時（1084—1094）制度已達完備。一般稱此為“僧科”。僧科仿進士科舉制，每3年一選，試以佛教經、論。到高麗末年以至李朝時期，禪宗僧則試以《景德傳燈錄》及高麗慧湛的《禪門拈頌集》；教宗僧則試以《華嚴經》及《十地經論》。通過僧科考試，僧人可得到不同的階位。禪宗的法階有大選、大德、大師、重大師、三重大師、禪師、大禪師；教宗的法階有大選、大德、大師、重大師、三重大師、首座、僧統。全國最高的僧官是“王師”和“國師”。王師與國師必須從上述禪宗的禪師、大禪師和教宗的首座和僧統中任命。

　　高麗的僧尼管理制度是仿照唐宋而建立的。新羅時期已設僧官，高麗王朝繼承并有發展，設左右街僧錄司統攝僧眾，主管一切佛教事務及賓館威儀的事情。僧錄司設僧維、僧正、副僧錄、都僧錄，統攝兩街僧錄的是左右兩街僧統。

　　高麗末年，隨著儒學的興起，佛教的干政和日趨腐敗，逐漸引起排佛之風。高麗忠烈王時（1275—1308）置國學，派人入元畫回孔子和72弟子像供奉，購祭器及儒家經書，建大成殿和學宮，培養儒生。此后儒學漸興，恭憨王十六年（1367）命鄭夢周等為學官，增置生員，授朱亮《四書集注》，“程朱性理之學始興”。鄭夢周被推為“東方理學之祖”，令土庶仿朱子家禮，立家廟，奉祖先之把，致力發展儒學。辛昌（廢王）時（1388）典法判官趙仁沃上疏指出佛教“固非所以治天下國家之道”，批評“近世以來，諸寺僧徒不顧其師寡欲之教，土田之租、奴婢之傭，不以供沸僧而以自富其身；出入寡婦之家，污染風俗：賄賂權勢之門，希求巨利，其于清凈絕俗之教何？”建議收土地于官府，對僧徒嚴加管理。恭讓王二年（1390）儒者鄭夢周上奏說儒者之道“至理存焉，堯舜之道亦不外此”，而佛教教人“辭親戚，絕男女，獨坐巖穴，草衣木食，觀空寂滅為宗”，不是“平常之道”。此后，大司憲成石璘等人又上疏，批評佛教”無父無君”，“以毀綱常”，師其法必國滅絕祀。直到高麗滅亡前夕，大臣和儒者鄭道傳等多人連續上疏批評佛教妄談禍福，勞民傷財，危害國家，應當革除。這些排佛之論，是李朝興儒排佛的先聲。