通過禪定和與之同類的瑜伽、氣功修習，能夠健身治病乃至延齡卻老，優化、變革生理，是古印度婆羅門教早就宣揚的，《白騾奧義書》即以“身輕得康健”為修習瑜伽的初步效益。道教尤以行氣、守一等為祛疾健身、延命長生的要道。佛教顯教重在破除世人對肉體的普遍執著貪愛，不大講禪定的生理效應，但說修習禪定中隨心意的寂靜，會相應地發生身輕安及呼吸、脈搏、整個機體的新陳代謝減慢乃至停息等生理變化，祛疾健身，是隨這些生理變化而來的附帶效應。《摩訶止觀》卷八云：

　　若善修四三昧，調和得所，以道力故，必無眾病。設小違返，冥力護持，自當銷愈?！恍男奕粒姴∠?FONT color=#cc0000>【《大正藏》卷四六，110a?！?/FONT>。

　　說如果善于如法修習天臺宗提倡的四種大乘禪定--常行（般舟）三昧、常坐（一行）三昧、半行半坐（方等、法華）三昧、非行非坐（覺意）三昧，因禪定的作用，必然沒有諸病，一心修定必有自然治愈諸病的效用。

　　禪籍中說，修習禪定者若證入初禪未到地以上的正奢摩他，因內氣之充盈流溢，能令“身粗重性皆得除滅，能對治彼身輕安性即得生起”。身粗重性，指使身體感到粗重不適的一切障礙，包括疾病、亞健康狀態等，隨其消除，自然使人感到身體輕快、安泰、舒適，達到健康狀態。若進入初禪以上正定，能改變欲界離不開飲食、睡眠、性生活的生理需求模式，有減少睡眠、飲食，乃至多日不吃喝、不睡覺也仍然身體強健、精神飽滿。如《憨山大師年譜》載，憨山三十歲時在五臺山參禪修定，食物僅有三斗米和麥麩，和野菜食之，半年尚有余。定中發悟后，變得精力超常，在募造轉經輪期間，他主持操辦，“經營九十晝夜，目不交睫”，而精力充沛，沒有睡意。起初主持做水陸佛事七晝夜，他于“七日之內，粒米不餐，但飲水而已，然應事不缺”，大大超越了常人的生理極限。

　　關于在定心中能減少乃至完全不需要飲食睡眠和性生活的機理，有的研究者指出在深定中，人能直接從宇宙中吸收肉體所需的物理能量，不必經過消化吸收飲食精華而將生化能轉化為生物能、物理能。佛教禪籍中說，進入初禪以上，超出欲界，可離唯欲界眾生所需的吃物質實體飲食的“段食”；進入二禪以上，可離以吃感覺為實質的“觸食”；進入四禪以上，可離以吃意愿為實質的“意思食”，唯需“識食”（阿陀那識的執受，生的意志）。

　　佛學還認為，禪定功夫深達一定程度或修某些禪定，有卻老延年之效。《阿含經》中佛言：比丘、比丘尼若修禪定，于第四禪基礎上修習成就欲、定、精進、觀“四神足”，可以隨意住壽一劫或一劫有余；《華嚴經·十地品》說初地菩薩便可住壽百劫，初地以上菩薩壽命地地倍增，長得不可思議。藏密說依無上瑜伽修氣、脈、明點的禪定，當修到氣入中脈后，可以有身健、力大、容顏鮮澤、足捷、年輕乃至不老、長壽之生理效應，《恒河大手印》稱修欲樂定證得樂明無念，可以“長命黑發相飽如滿月，光彩煥發力大如獅子”。據有關史料，長期修習禪定的僧尼，其平均壽命要比一般人高出好多，其中有些人如馬鳴、龍樹、慧昭、純陀等都是典型的例子，大大超過了現在科學家所說人類的自然壽命。

　　當代有些科學工作者利用腦電、心電等儀器，通過對照組觀測法，對氣功、瑜伽、禪定作了多種研究，其結果表明，當通過鍛煉入定時，人體新陳代謝、呼吸、血液循環、微循環、免疫功能、體溫、消化系統等都發生良性變化。機體新陳代謝的減緩和消耗量的降低，則可發生“節能效應”，使人延年益壽。從現代心理學的角度看，在修習禪定過程中尤其是深入正定以后，隨著意念和情緒活動的放松、停息，可以令人精神上的緊張和壓力得到緩解，使被緊張和壓力導致惡化的生理機能得以自行調整，從而產生健身之效，一些以精神緊張和心理壓力為主因的疾病可能會逐漸自行痊愈。若修定者持有治病健身的動機，則可能加上自我暗示作用，使禪定祛疾健身的效用更為明顯。

　　修習禪定進程中，也可能產生有損健康的負面生理變化，引發生理性的“禪病”。因心意漸趨寂定，身體自行調整，可能使身中潛在的疾病外化，或引發宿疾，如《釋禪波羅蜜次第法門》卷六所言：“或本四大有病，因今用心，心息鼓擊，發動成病。”【《大正藏》卷四六，505b?！?/FONT>這種情況一般發生在禪修的初級階段，未必是壞事，多會隨禪定功夫的加深，不藥而愈，也可以醫藥治愈，用禪定方法對治。修習中不善調攝身心息，也可導致種種禪病，如坐姿不正確會導致脊柱和背部、腰腿等疼痛，調息不當可導致筋脈痙攣或枯瘠瘦弱，系緣、觀想、用意不當會導致身中四大不調，表現為上火、身體沉重、頭疼、胸悶、浮腫等疾病，此類病用醫藥治療往往療效不佳，最好用相應的禪定方法對治，《摩訶止觀》、《禪門口訣》、《大乘要道密集》等禪籍中列舉有多種自我調整治療禪病的方法。修定過程中若受到外界的聲響、噪音等驚動，或受人事方面的迫害、毀謗、辱罵等刺激，或生活中心理負擔過重，因而惱怒、驚恐、憂慮，也可能引發氣滿、腹脹、便血、肺脹、便秘、嘔吐、消化不良等心身性的禪病，此類病也宜于用禪定調和身心息的方法治療。對各種禪病，應善知病因，及時對治，“如此等病，初得即治，甚易得差。若經久則病成，身羸病結，治之難愈”【《修習止觀坐禪法要》卷一，《大正藏》卷四六，471c?！?/FONT>。 一心修定，尤其是以正見修觀，是治療各種禪病的靈藥。《天臺智者大師禪門口訣》卷一云：“但系心在境（修定所緣境），不令他緣，病自差耳?！?FONT color=#cc0000>【《大正藏》卷四六，581c?！?/FONT>《釋禪波羅蜜多次第法門》卷四云：“般若一觀，能治五病?！?FONT color=#cc0000>【同上書，504c?！?/FONT>