佛門在食肉的問題上，藏地及奉行上座部的東南亞地區與大部份佛光普及地區，有著不同傳統習慣，又各有教證依據，欲解釋此現象、推知佛經的深奧意義，應根據具德上師的教言、清凈的傳承、以及廣大的智慧，以此方能了知各種經論的不同破立之處。有人以為藏地食肉是密宗風行所致，事實并非如此。確實基於密宗最高的見地，吃肉與雙運、降伏等一樣皆屬於密宗的最高行為，但這僅對於證悟很高的瑜伽師而言，非一般凡夫所能企及。如大成就者帝洛巴常吃生魚，那洛巴對此未生起邪見，如理依止後，也獲得了究竟成就。又如中國濟公和尚一生吃肉喝酒，然人們依然推崇其為圣者的權巧示現，而未敢譏侮或效仿一樣。藏地佛教徒食肉的習俗，即是基於高原地理不長莊稼的客觀現實，以本師釋迦佛在別解脫戒中的方便開許為根據而形成的。

如印度律宗祖師功德光和釋迦光在各自所著的《律經根本律》與《毗奈耶三百頌》中都開許食用三凈肉。又《毗奈耶經．藥事品》中云∶「世尊告，不得食用非清凈之肉。」《律儀經》云∶「觀察缽中之魚肉等，若非人肉等，則可食用。」印度阿梨巴西在《中觀精華論》中云∶「聲聞乘論中，開許三凈肉，食亦無過失，已成精等故，如乞食無過．．。食肉非有過，時眾無害故。」《中觀精華論釋》中亦云∶「大悲怙主釋尊者，於大乘經典不僅未開許食肉，且云遮止。小乘經中食用三凈肉亦說無過失。」此三不凈肉，多數智者根據《律儀頌》中「利眾如來云∶故意宰殺肉，或見或聞疑，其肉不得食。」一偈解釋為或見或聞或疑為我殺者，但也有些論典說凡是為食肉而宰殺者，全為不凈肉，如釋迦光論師所著的《毗奈耶具光論》云∶「不食故意宰殺之魚肉等，若殺或勸殺、及隨喜殺者，雖是三凈肉，但故意宰殺乃無慈悲心故，亦非合理，不得食用，馀肉乃無遮也。」

但是，有些寡聞無智的人，認為吃肉的全是外道，或因此而戒律不清凈，這卻是一種偏見。難道佛陀在小乘經典中開許食用三凈肉，於是這些經典也成了外道書籍嗎？如今佛教信徒占人口百分之九十五以上的泰國、不丹、斯里蘭卡、緬甸等佛國的教徒們，不僅是居士食肉，出家人中也少見素食者，那這些國家的所有僧俗，全是戒律不凈者嗎？這是否僅是一個坐井觀天的精彩故事呀！

又有人認為只有漢地顯宗崇尚素食，藏地學密者則全是食肉的，其實不然，除食用三凈肉者外，藏地還有相當一部分僧眾與居士倡導并奉行素食。五明佛學院每當打齋供僧時，總要準備一大鍋素飯，以方便藏漢兩族吃素的僧眾。在中國四川省紅原縣，有一活佛，在他第一世時，發愿七世中不進肉食，現在是第二世，從小見肉就哭泣不已，至今已成年，戒肉茹素依然如故。

若有人想∶「漢地《梵網經菩薩戒本》中說∶『夫食肉者，斷大慈悲佛性種子，一切眾生見而舍去。』食肉教徒對此經作何解釋？」殊不知在藏地所傳的兩種菩薩戒，均有別於漢地，為屬於由龍樹、無著二大菩薩所傳的瑜珈部。龍樹菩薩的甚深見派中有十九條重罪，八十輕罪；無著菩薩的廣大行派中有四重罪，四十六輕罪，在其戒條中，雖未見開許處，但也未見遮破食肉。另外，《梵網經》中此不食肉戒列為四十八輕垢罪之一，非犯根本重罪，與「別請僧」、「不行救贖」、「懈怠不聽法」等輕垢罪并列，此後三條均極易犯，并未見重視，獨重視此不食肉戒似亦非應理。若想∶食肉過患既墮惡趣，則應非輕罪耶？答∶這也不一定，因此食肉過失雖墮地獄，然仍較易懺悔清凈。又如《宣說輕重罪經》說∶「比丘犯一白衣輕罪，亦需在復活地獄受八萬年苦。」

綜上所述，戒肉茹素有無量的功德，食肉則有極大過患，但在藏地，佛教徒食用三清凈肉於菩薩戒與別解脫戒均不為破，更不等同於殺生與外道的行為。所以，以藏漢為主的所有佛教徒，應該團結和合，互相尊重，不得誹謗，應知都為釋尊所傳下的清凈教派，都有解脫道。廣學實證的人，由此可證藏漢互通，顯密不違，各派圓融矣。