關于水陸道場的儀式，從現存十三世紀時日僧承澄（1205—1282 ）所輯《阿婆縛抄》卷一百六十六中的《冥道供》一文看（冥道即水陸的異名），其壇場布置、形象配列、法器供物及法事進行等儀式,與今《水陸儀軌》大致相同。宗賾嘗謂楊鍔祖述舊觀，撰《水陸儀》三卷行于蜀中，頗存古法，可能即是采取密教冥道儀軌而寫成的。楊鍔《水陸儀》原本已失，但據《施食通覽》所引有《初入道場敘建水陸意》，宣白召請上堂八位圣眾，宣白召請下堂八位圣凡等。稍后，蘇軾《水陸法象贊序》中說：水陸道場隨世增廣，唯蜀人頗存古法，像設猶有典型。“虔召請于三時，分上下八位云云”（《東坡后集》卷十九）。其中上堂八位與下堂八位的名稱與《水陸儀》一致，可知二者前后有關系。宗賾撰《水陸緣起》，則敘述更詳。他說水陸供養的對象分上中下，上則供養法界諸佛、諸位菩薩、緣覺、聲聞、明王、八部、婆羅門仙。次則供養梵王帝釋二十八天、盡空宿曜一切尊神。下則供養五岳河海大地龍神、往古人倫、阿修羅眾、冥官眷屬、地獄眾生、幽魂滯魄、無主無依諸鬼神眾、法界旁生。六道中有四圣六凡，普通供養。……未發菩提心者，因此水陸勝會，發菩提心。未脫苦輪者，因此得不退轉。未成佛道者，因此水陸勝會，得成佛道。
明代江浙之間，有北水陸和南水陸之分。四明所行的南宋志磐續成的《水陸新儀》為南水陸。而金山舊儀，則稱為北水陸。明末袾宏不從北而從南，即依志磐《新儀》，稍事改削，行于杭州（智旭《水陸大齋疏》見《靈峰宗論》卷七之四）。
清儀潤依袾宏之意，詳述水陸法會作法規則，撰成《法界圣凡水陸普度大齋勝會儀軌會本》六卷，成為現行水陸法會儀式的手冊。其后咫觀更就袾宏《水陸儀軌》詳細增補論述，成《法界圣凡水陸大齋普利道場性相通論》九卷，略稱《雞園水陸通論》；此外又撰《水陸道場法輪寶懺》十卷。皆為現行水陸法會之所取則。
其法事內容，在七晝夜之間，主要為結界灑凈、遣使發符、請上堂、供上堂、請下堂、供下堂、奉浴、施食、授戒、送圣等。上堂三寶十位圣賢，奉請于午前；下堂圣凡十位神靈，召請于初夜（《水陸儀軌》卷二）。此儀式中的上下堂十位，即依舊制上下堂八位增訂而成（《普說水陸緣起》見《水陸儀軌》卷二）。其上堂十位是：十方常住一切諸佛、十方常住一切尊法、十方常住諸菩薩僧等。下堂十位是：十方法界四空四禪六欲諸天天曹圣眾、五岳四瀆福德諸神等。
至于現行水陸法會壇場的布置、念誦經典及其人數，牌軸的規定和進行的程序等，依《雞園水陸通論》等所說，法會壇場分為內壇和外壇。法事以內壇為主，像設布置香花供養，力求莊嚴。正中懸掛毗盧遮那佛、釋迦牟尼佛、阿彌陀佛三像，下置供桌，羅列香花燈燭果品供物。其前安置長方臺四只成四方形，臺上分置銅磐、斗鼓、鐃鈸、手鈴及儀軌等，為主法、正表、副表、齋主四人所用。四圍繞以布幕，將內壇分成三間。兩側分掛上堂、下堂各十位水陸畫像。畫像之下列插牌竿，詳記每位圣凡名稱。牌上皆畫寶蓋，下畫蓮花，中用黃紙；下堂則用紅紙以為區別。
外壇有六個壇場：大壇二十四人，專門禮拜《梁皇寶懺》。諸經壇七人，諷誦諸經。《法華》壇七人，專誦《妙法蓮花經》。凈土壇七人，稱念阿彌陀佛名號。《華嚴》壇二人，靜閱《大方廣佛華嚴經》。瑜伽壇，亦稱施食壇，為夜間施放焰口之用，人數由各壇臨時調用。此外監壇一人，共計四十八人。
內外壇法事一般為七日（內壇亦有五日者，則自第三日起）。其進行程序：第一日三更，外壇灑凈，四更內壇結界，五更遣使建旛(旛上書"修建法界圣凡水陸普度大齋勝會功德寶旛”，高懸于大雄寶殿左前方的剎竿上)。第二日四更，請上堂，五更奉浴。第三日四更供上堂，五更請赦。午刻齋僧。第四日三更，請下堂，四更奉浴，五更說戒。第五日四更，誦《信心銘》，五更供下堂，午刻齋僧。第六日四更，主法親祝上下堂，午前放生。第七日五更，普供上下堂，午刻齋僧，未時迎上下堂至外壇，申時送圣，水陸法會即告圓滿。法會期間，自第一夜起，每夜于瑜伽壇各放焰口一臺，至第六夜則放五方焰口，內壇水陸法師及諸壇僧眾均參與法事，為水陸法會儀式的頂點，以后即從事結束。
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