經歷了清初佛教的短暫興盛，到了清中期以后，以禪宗為代表的佛教在全國范圍內呈現出不可避免的衰落趨勢，澳門佛教的發展也陷入停滯。到了清末及民國初年，隨著大陸佛教復興運動的蓬勃興起，澳門佛教出現了第二次高潮。
澳門佛教在近代的發展，首先表現在寺院的普遍重修和擴建上。
寺院是佛教活動的主要場所，寺院的多少和規模在一定程度上反映了佛教的興盛或衰落。
普濟禪院經過大汕的重修之后，清嘉慶戊寅年（1818）又重修了一次。經過這次重修，禪院已頗堂皇，但內部左右偏殿，還未有西廳各堂，東廳亦只有數楹，僧舍過少，名實未符。到咸豐年間，歷經40年的風雨侵蝕，詹牙殿角，已呈飄頹。
當時住持暢瀾和尚發起募捐，于咸豐八年戊午（1858）大事重修，東偏拓展園亭，增建僧舍，西廳各堂及地藏殿亦相繼落成。今日所見的普濟禪院，其大致規模，即于是次重修擴建而奠定。（注：李鵬翥著：《澳門古今》，三聯書店香港分社／澳門星光出版社，1986年11月第1版，第219—220頁）
另外，澳門佛教凈土宗寺院菩提禪院（約始建于1933年）和無量壽功德林（始建于1925年）皆始建于20世紀二三十年代，屬于澳門禪宗另一重要派別臨濟宗的寺院藥王禪院（始建于1933年）和竹林禪院（始建于1911年）亦創建于這一時期。
觀音信仰是澳門佛教的重要組成部分，澳門觀音廟的修建和擴展與佛教的發展狀況是同步的。
這一時期，在澳門本島及離島新建的觀音廟有位于氹仔的觀音巖廟（建于1871年）、位于氹仔墟的觀音堂（約建于1902年）等，位于路環九澳的觀音古廟也于1839年得以重修，位于澳門旺廈的觀音古廟更是于1867、1876和1882年數次重修（注：鄭煒明、黃啟臣著：《澳門宗教》，澳門基金會，1994年11月第1版，第14 頁）。
這一現象在一定程度上也反映出佛教在近代澳門的興盛與發展。
澳門佛教在近代的發展與繁榮，還表現在佛學教育的開展、佛教組織的創立以及佛教出版物的出現。
澳門女子佛學院即始建于這一時期，創辦者是香港紳商何東的夫人張蓮覺居士。
張居士也是一位著名的佛教徒，熱心公益，為了改善港澳地區的女子社會地位，于1929年在澳門和香港兩地分設寶覺日夜義學校，又在澳門無量壽功德林創辦女子佛學院。
女子佛學院得到了功德林創辦者張玉濤居士的大力支持，招收了數十名港澳學生，在此研習佛學，接受教育。后來由于張玉濤居士出家離職，佛學院無人授課，自行停辦。
20世紀30年代末，竺摩法師從內地來到澳門，不久，在澳門創辦了澳門佛教界歷史上第一份自己編輯出版的佛教刊物——《覺音》月刊，編輯部設在位于三巴仔街的無量壽功德林。《覺音》的創辦成為溝通澳門佛教界和內地佛教界的重要橋梁，為澳門近代佛教文化的發展作出了積極的貢獻。
由尹法顯居士創辦的澳門佛學社是澳門最有影響的佛教組織之一，該社曾于1951年8月17日出版《無盡燈》創刊號， 該社社長也是竺摩大師；澳門佛學社在1952年曾開辦澳門佛學社佛教平民義學，收學生40余人；1953年又邀得香港的弘經法師至澳門宣講《心經》。1953年秋天，比丘尼凈覺、覺源兩師徒創辦澳門凈覺學社，有學生40余人。
20世紀40年代末，澳門佛教界還有一件意義非同尋常的事情，就是虛云大師的澳門弘法。
1947年農歷八月初一日，應澳門佛教僧俗釋寬如、釋寬榮和李民欣居士的邀請，虛云大師來到澳門講經說法，在平安戲院開示歸戒。此次說法，盛況空前，影響甚大，皈依者眾多。
在說法中，虛云首先宣說什么是“法”，認為“法者即眾生心，眾生心與佛心本無二心。是心具足一切法，即法即心，即心即法”（注：鄭煒明、黃啟臣著：《澳門宗教》，澳門基金會，1994年11月第1版，第18頁）。 然后依次講三歸五戒，“佛雖說種種法門，無論大小乘戒，皆以三歸五戒為根本……故三歸五戒，是導世之良津，拔苦與藥之妙法”。因此，“先釋三歸，次明五戒”（注：同上引書，第19頁）。在對三歸五戒的闡述中，他把三歸和五戒歸結為“一心”與“攝心”，認為，三歸“雖名三種三寶，其實唯是一心，更無別法”（注：同上引書，第20頁），若要不犯五戒，“重在攝心，妄心若攝，分別不起，愛憎自無，種種惡業，何由而生”（注：同上引書，第23頁）。
虛云大師的澳門弘法，在近現代澳門佛教發展史上具有重要的意義。 | 
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