佛教在西域有著悠久的歷史。西域曾被佛教僧侶視為"小西天"，或譽為佛教的第二故鄉。
佛教是什么時候傳入西域的？根據史料記載，印度佛教傳入西域的時間，大約是公元前1世紀后半葉。主要傳入地區是新疆的于闐、龜茲、疏勒、若羌、高昌等地。首先把佛教思想傳入西域于闐的是來自迦濕彌羅（即克什米爾）的高僧——毗盧折那。當時，西域各地主要流傳的是小乘佛教的"說一切有部"。主張"法體恒有"，即把世間一切現象分為有為法和無為法兩類。有為法是因緣和合的產物，有生（產生）、住（持續）、異（變化）、滅（毀滅）的"四象"。有為法計四種：表現物質現象的，稱為色法；表現生理或精神現象的眼、耳、鼻、舌、身、意的，稱心法；各種心理作用稱心所法；心、色之外具有生滅的各種現象，稱心不相應法。無為法指非因緣和合、無生無滅的各種現象。據此五法細分為75種，統稱"五位七十五法"。還主張："三世恒有"、"法體恒有"，認為過去、現在、未來皆有實體，而且論證諸法都各有不變不改之自性，同時也有造果之因。對因緣關系中提出了獨特的"六因說"，即能作因、俱有因、同類因、相應因、遍行因等。"六因說"是有部"三世實有說"的立論依據，即認為在三世中有著因果的必須聯系，發展了原始的佛教的緣起觀。
自印度佛教傳入西域后的幾百年間，即西漢昭帝、宣帝統治時期，到三國時期的幾百年的歲月里，西域佛教有了長足的發展，佛教圖象、寺廟和石窟等佛教建筑開始在西域大地出現，著名的有克孜爾千佛洞、庫車的森姆賽姆千佛洞等。西域僧人開始走向內地傳經送寶。內地佛教徒也拉開了西行求法的序幕。
到了魏晉南北朝時期佛教在西域進入了鼎盛發展時期。佛教在西域各宗教中占統治地位。佛窟成群，塔寺林立，浮雕、立雕的大小佛像琳瑯滿目，雕塑藝術達到了很高程度。西域各國佛事頻繁，年年舉行盛大的佛會，而且，高僧人才輩出，也是西域與中原佛教文化相互影響、相互滲透的時代。同時，西域佛教也在不斷演變發展，出現了大乘佛教，產生了不同佛教宗派。小乘與大乘的主要區別是：前者把釋迦牟尼視為教主，后者提倡三世十方有無數佛，并進一步把佛神化；前者追求個人自我解脫，把"灰身滅智"、證得阿羅漢作為最高目標，后者宣傳大慈大悲、普渡眾生，把成佛渡世、建立佛國凈土作為最高目標。
這一時期西域佛教文化藝術也達鼎盛。佛教的建筑、雕塑、繪畫、音樂、舞蹈、文學和演講辯論達到很高水平。
許多高僧出現在這一時期。如：白延、帛法祖、鳩摩羅什、佛圖澄、達摩笈多等。
西域佛教在隋唐時期得以繼續發展，并在突厥人中得以傳播。尤其是在西突厥汗國比較興盛。原因之一就是其統治的區域，是一個傳統的佛教地區。上至王室成員，下至百姓，突厥人在改信佛教，正是受到當地宗教影響的結果。
唐朝統一西域后，佛教在西域隨著唐王朝興衰，也由興旺走向衰微。如于闐、疏勒、龜茲等地區的佛教演變情況正是如此。
西域佛教在隋唐時期，大乘、小乘宗派并存。內地僧人與西域僧人交流頻繁。常有內地僧人到西域講經求法。有大量的寺院、洞窟供僧人們講經布道、生活修行。如贊摩寺、阿奢里貳寺、克孜爾石窟、寧戎窟寺等。西域和內地高僧翻譯和傳播各種經文。如達摩笈多的《起世緣》、《生藥師》、《菩提賢良》；慧琳的《一切經音義》；實叉難陀譯的《華嚴經》、重譯《大乘入楞伽經》等。赴內地的西域高僧，將自己的思想、學風等帶到了中原，與中原地區的高僧共同相處，探討佛學真諦，這是智者與智者之間的對話，在這種對話的碰撞下，產生了許多思想火花，為中國的佛學發展，譜寫了新的篇章。
同時，這一時期以佛教為內容的繪畫、音樂、舞等藝術，達到了很高境界，凝聚了古代西域各族人民的智慧，也是中原、印度、西域等地藝術相互融合的產物，是各族人民文化交流的見證。僅以西域畫師尉遲乙僧為例，其畫法對唐代及唐代以后的繪畫有重大影響，影響遠及朝鮮、日本，為中國美術的發展做出了很大貢獻。
及至兩宋前后，回鶻人在新疆建立高昌回鶻王國，佛教在西域又得以復興。回鶻人在9世紀后期，建立了包括今吐魯番、吉木薩爾、庫車、拜城、與鄯善、哈密及敦蝗以西部分地區的高昌回鶻王國。回鶻人早在回鶻汗國時期就接受過佛教，主要是通過中原佛教徒的傳播。西遷的回鶻人，在轉入定居城市和農業生活后，隨著高昌回鶻王室改宗佛教，對佛教采取了扶植政策，促進了高昌回鶻王國佛教的發展。
高昌回鶻人佛教信仰內涵比較復雜，回鶻人中盛行大乘佛教。在回鶻王室的支持下，高昌回鶻佛教得以昌盛。佛教也對回鶻人的社會生活、文化藝術產生了深刻影響。能歌善舞的回鶻人，用戲劇、音樂、舞蹈等形式，宣揚佛教的教義。
著名的回鶻佛學家：僧古薩里、安藏、阿魯渾薩里、迦魯納答思、必蘭納失里等，翻譯和著述了大量佛教經卷，及內地漢文典籍。有的譯著流傳至今，如僧古薩里的《金光明經》、《玄奘傳》。譯文流暢，章法嚴謹，堪稱譯作之上品。
隨著高昌回鶻王國的沒落，到十六世紀初，佛教在西域走向衰微。及至清朝，佛教又在新疆得以復蘇。
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